Bis zum Zeittraining der MotoGP-Klasse war die Strecke in Aragón bis auf wenige feuchte Ecken vollständig abgetrocknet und die Zeiten bewegten sich von Anfang unter der Zwei-Minuten-Grenze vom Vortag. Für Dani Pedrosa und sein Honda, am Morgen noch mit der Bestzeit unterwegs, ging es nach sieben Minuten und einem Ausrutscher in der letzten Schikane per Flugeinlage ins Kiesbett. Nach zehn Minuten erschien Stefan Bradl (LCR-Honda) auf Platz 1 der Zeitenliste, doch wenig später drängelten sich Jorge Lorenzo (Yamaha-Factory) und Cal Crutchlow (Yamaha-Tech3) am Bayer vorbei. An der gleichen Ecke wie Pedrosa musste nach einer Viertel Stunde auch Yonny Hernandez zu Boden. Kurz vor der Halbzeit des Qualifyings erwischte es auch Ducati-Pilot Valentino Rossi. Der Italiener verlor in Turn 2 die Kontrolle übers Vorderrad. Zu dem Zeitpunkt lag mit einer Zeit von 1:50,322 Crutchlow an der Spitze, 0,657 Sekunden vor Ben Spies und Pedrosa. Bradl war derweil als Vierter vor Jorge Lorenzo unterwegs. Doch der Honda-Pilot mischte weiterhin fröhlich an der Spitze mit und platziert sich vorläufig auf Rang 2. Trotz dunkler Regenwolken warteten die MotoGP-Piloten mit ihrem Showdown wie üblich auf die letzten Trainingsminuten. Im letzten Trainingsviertel gesellten sich an der Spitze auch noch Pedrosa und Andrea Dovizioso (Yamaha-Tech3) in dem Kampf um die besten Startpositionen hinzu. Crutchlow hatte seine eigene Bestzeit unterdessen weiter runtergeschraubt und war mit einer 1:49,718 unterwegs. Neun Minuten vor Schluss holte sich Bradl nochmals einen neuen Hinterreifen in der Box ab. Drei Minuten vor Schluss glänzte Pedrosa vor allem im letzten Streckenabschnitt und eroberte die Bestzeit mit 1:49,534. Doch die Angriffe der Konkurrenz liessen nicht lange auf sich warten. Lorenzo übernahm bei noch zwei ausstehenden Minuten den ersten Platz mit 1:49,404 und an dieser Bestzeit liess sich nicht mehr rütteln. Pedrosa geht am Sonntag vom zweiten Platz aus ins Rennen, Cruchtlow vom dritten. Bradl geht in seiner letzten Runde noch an Dovizioso vorbei und holt Startplatz 5.