Voller Zuversicht ging Max Biaggi (I/Aprilia) in das Rennwochenende in Brünn, doch am Ende nahm ihm sein ärgster Widersacher Marco Melandri (I/BMW) auf seiner Lieblingspiste stolze 27 Punkte ab! Wie schon im ersten Lauf kam Tom Sykes (GB/Kawasaki) optimal von seinem Startplatz weg, dennoch konnte Eugene Laverty (IRL/Aprilia) nach wenigen Kurven kurzzeitig die Führung übernehmen. In der Reihenfolge Sykes, Laverty, Leon Haslam (GB/BMW), Marco Melandri (I/BMW), Carlos Checa (E/Ducati), Davide Giugliani (I/Ducati) und Blitzstarter Max Biaggi (I/Aprilia) kam das Feld aus der ersten Runde. Mit der einzigen 1.59er Runde im Feld setzte sich Sykes in der zweiten Runde um 1,5 sec von seinen Verfolgern ab. Dort rauften insbesondere die beiden BMW-Piloten Melandri und Haslam mit harten Bandagen. Während der Italiener Platz 3 des Briten hinter Laverty übernahm, schickte er seinen Teamkollegen weit hinaus, der dabei mehrere Positionen einbüsste. Anders als im ersten Rennen, als bei gemischten Streckenverhältnisse die Aussenseiter munter an der Spitze mitmischten, dominierten bei nun durchgehend trockenen Bedingungen die etablierten Piloten. Brünn-Spezialist Max Biaggi hatte sich nach fünf Runden von Startplatz 14 auf P5 ans Hinterrad seines Teamkollegen Eugene Laverty nach vorne gearbeitet und holte sich eine Runde später dessen vierten Platz. Mit jeder Runde schmolz der Vorsprung des Führenden Tom Sykes. Noch vor Halbzeit hatte Melandri die Lücke geschlossen und studierte den Briten in aller Ruhe. Von hinten drohte wenig Gefahr: Checa fuhr bereits auf der letzten Rille und Biaggi büsste mit jeder Runde einige Meter ein. Eugene Laverty hielt als Fünfter Leon Haslam, Loris Baz (F/Kawasaki), Chaz Davies (GB/Aprilia) und Davide Giugliano (I/Ducati) in Schach. Nach der Superpole lästerte Melandri "Sykes ist nur die ersten sieben Runden schnell", doch erst in Runde 16 fand er einen Weg am Spätbremser vorbei. Und als der Italiener nur knapp einen Sturz verhindern konnte, war er die Führung kurz darauf auch schon wieder los. Erst in der letzten Runde schaffte Melandri gegen den sich erbittert wehrenden Kawasaki-Piloten ein erfolgreiches Überholmanöver und fuhr mit 0,140 sec Vorsprung auch den zweiten Sieg ein. Hinter Tom Sykes kam Carlos Checa als Dritter ins Ziel. Auf den Plätzen 4 bis 6 folgen die Aprilia-Piloten Max Biaggi, Eugene Laverty und Chaz Davies (GB). Nach seinem Sturz im ersten Rennen konnte Jonathan Rea (GB) auch im zweiten Lauf nicht überzeugen. Als 12. im Ziel büsste der Honda-Pilot über 29 sec auf den Sieger ein. Leon Camier (GB) sorgte mit Platz 9 für ein versöhnliches Ergebnis für Crescent-Suzuki. Mit den Plätzen 15 und 14 verpasste sein Teamkollege John Hopkins (USA) sein selbstgestecktes Ziel: Er wollte in Brünn seine bisher besten Saisonfinishs einfahren - doch zum ersten Mal in dieser Saison konnte der Amerikaner in beiden Rennen punkten.