Das Format für die Ermittlung der Startaufstellung hat sich für 2016 geändert. Statt freiem Training am Freitag und dem Qualifying am Samstag, gibt es nun wie bei den Superbikes zwei Freitag-Qualifyings und die Superpole am Samstag. Aus den Qualifyings kommen die Top-10 direkt in Superpole 2, in der die Startplätze 1 bis 12 für das Rennen Sonntag ausgefahren werden. Alle Fahrer außerhalb der Top-10 müssen den Umweg über Superpole 1 nehmen, die zwei Schnellsten von dort qualifizieren sich zusätzlich für Superpole 2. Die Fahrer haben in beiden Superpoles jeweils 15 Minuten lang Zeit, eine schnelle Runde zu fahren. Weltmeister Kenan Sofuoglu kam im ersten Qualifying auf eine Rundenzeit von 1.41,523 min und strandete auf Platz 13 – das konnte der Kawasaki-Werkspilot nicht auf sich sitzen lassen und setzte sich bereits nach wenigen Minuten mit Vorsprung an die Spitze der Zeitenliste. Weil sich Randy Krummenacher zunächst nicht verbessern konnte, reihten sich Kyle Smith (Honda), Alex Baldolini (MV Agusta) und Ratthapong Wilairot (Honda) hinter dem Türken als Verfolger ein. Krummenacher blieb bis sechs Minuten vor dem Ende des zweiten Qualifyings der Einzige der Top-15, der seine Zeit aus dem ersten Qualifying nicht verbessern konnte. In 1.39,726 min markierte der Schweizer zunächst die drittbeste Zeit, fiel dann aber auf Platz 5 wieder zurück. Denn in den letzten fünf Minuten folgte der grosse Auftritt von Wildcard-Pilot Ratthapong Wilairot. Der Bruder des Sensationssieger von 2015, Ratthapark Wilairot, scheiterte mehrmals an der Bestzeit, doch mit seiner letzten Runde schob sich der Thai um 0,130 sec vorbei an Sofuoglu an die erste Stelle – und wurde wie ein Sieger gefeiert. Hinter Sofuoglu verbesserte sich Jules Cluzel als bester MV Agusta-Pilot auf die dritte Position, nur 50/1000 sec hinter dem Franzosen reihte sich Markenkollegen Gino Rea ein. Bester Honda-Pilot wurde Kyle Smith auf Platz 6. Nico Terol (MV Agusta), Alex Baldolini (MV Agusta), PJ Jacobsen (Honda) und Luke Stapleford (Honda) komplettieren die Top-10. Als 16. der Qualifyings muss Kevin Wahr am Samstag in der Superpole 1 antreten. Der Nagolder büsste auf die Tagesbestzeit von Wilairot 1,1 sec ein.