Trotz der langen Strecke mit Rundenzeiten von fast zwei Minuten und einigen feuchten Stellen lagen die Stars der MotoGP-Klasse auch im zweiten Freitraining dicht beisammen. Fünf Minuten vor Schluss lagen die sieben Schnellsten – in der Reihenfolge Andrea Dovizioso, Dani Pedrosa, Casey Stoner, Jorge Lorenzo, Valentino Rossi , Ben Spies und Colin Edwards – innerhalb von nur 0,685 Sekunden. Am Ende hatte aber Pedrosa die Nase ganz knapp vorn. Lorenzo lag nur 0,018 sec dahinter auf Rang 2. Die Rückstände von Dovizioso und Stoner auf den Rängen 3 und 4 betrugen weniger als eine halbe Sekunde. Rossi als Fünfter verlor hingegen bereits 0,665 Sekunden. Der bereits zuvor an einer Schlüsselbeinverletzung laborierende Suzuki-Pilot Alvaro Bautista stürzte nach dreissig Minuten erneut heftig und ging danach nicht mehr auf die Strecke. Interwetten-Pilot und Aoyama-Ersatz Alex de Angelis – Letzter bei den GP in Laguna Seca und auf dem Sachsenring – kam erneut nicht über den letzten Platz hinaus und büsste rund drei Sekunden auf den Spitzenreiter ein. Der Franzose Randy de Puniet, der nur 22 Tage nach seinem Schien- und Wadenbeinbruch wieder in den Sattel der LCR-Honda stieg, verlor ebenfalls fast drei Sekunden auf Pedrosa.