Im 15-minütigen Qualifying 2 kämpften die Top-10 der ersten drei Trainings plus die schnellsten zwei Piloten aus dem Q1 um die Startplätze 1 bis 12 für das MotoGP-Rennen in Jerez. Andrea Iannone (Suzuki) und Aleix Espargaró (Aprilia) hatten sich im Q1 durchgesetzt. Weltmeister Marc Márquez, der 18 Punkte hinter WM-Leader Valentino Rossi liegt, stürmte mit 1:38,300 min umgehend an die Spitze. Hinter dem Repsol-Honda-Fahrer reihten sich sein Teamkollege Dani Pedrosa und Ducati-Pilot Jorge Lorenzo ein. Rookie Jonas Folger belegte Platz 9 vor Valentino Rossi. Maverick Viñales schob sich auf Platz 3 hinter die Honda-Werkspiloten, lag jedoch 0,377 sec hinter Márquez. Valentino Rossi lag nur auf dem elften Rang hinter Folger und Zarco. In den letzten Minuten preschte Rookie Johann Zarco mit der Tech3-Yamaha auf Platz 5 hinter Márquez, Pedrosa, Viñales und Iannone. Doch Cal Crutchlow jagte mit Sektorbestzeiten um die Strecke und schnappte sich den dritten Rang. Mit 1:38,249 min schoss Pedrosa auf Platz 1. Sein Honda-Kollege Crutchlow betitelte den Spanier bereits am Freitag als Favorit auf den Sieg. Márquez lag 0,051 sec zurück, befand sich jedoch noch auf einer schnellen Runde. Ein großer Rutscher in seiner letzten schnellen Runde verhinderte die Pole-Position von Márquez. Der Weltmeister lag am Ende 0,049 sec hinter Pedrosa. Mit 1:38,249 min sicherte sich Dani Pedrosa Startplatz 1 vor Márquez +0,049 sec, Cal Crutchlow (Honda) +0,204 sec, Maverick Viñales (Yamaha) +0,428 sec, Andrea Iannone (Suzuki) +0,495 sec, Johann Zarco (Yamaha) +0,612 sec, Valentino Rossi (Yamaha) +0,659 sec, Jorge Lorenzo (Ducati) +0,661 sec, Jonas Folger (Yamaha) +0,859 sec, Jack Miller (Honda) +0,859 sec, Scott Redding (Ducati) +0,903 sec und Aleix Espargaró (Aprilia) +1,151 sec.