Nur die schnellsten zwei Piloten des Qualifying 1 rücken zu den Top-10 der ersten drei freien Trainings in das Qualifying 2 auf. Im Q2 werden dann die Startplätze 1 bis 12 vergeben. In Malaysia mussten sich unter anderem Lorenzo-Ersatzmann Michele Pirro, Álvara Bautista und beide Espargaró-Brüder um einen der ersten zwei Q1-Plätze streiten. Mit Gesamtrang 13 nach den ersten drei freien Trainings hatte auch Stefan Bradl gezeigt, dass ihm der Kurs in Malaysia offenbar liegt. Nachdem es im vierten freien Training plötzlich angefangen hatte zu regnen – was Maverick Viñales, Jordi Torres und Karel Abraham zu Sturz brachte – und auch nicht mehr aufhörte, stand der Sepang International Circuit bereits bei Beginn des ersten Teils des Qualifyings komplett unter Wasser. Die Fahrer starteten zwar alle auf Regenreifen in ihren ersten Versuch, eine schnelle Zeit zu setzen, schon während der Aufwärmrunden war aber klar, dass das Wetter eine Qualifikation nicht zulassen würde und die Session wurde nach nur drei Minuten abgebrochen. Nach 85 Minuten ging es schließlich weiter und die Fahrer starteten in ihre ersten Runden, die Streckenverhältnisse zu erkunden. Die Strecke war zwar bei Weitem noch nicht trocken und Stellenweise gab es auch noch ein paar kleine Pfützen, aber zumindest war sie soweit befahrbar, dass ein Qualifying möglich war. Aprilia-Pilot Aleix Espargaró legte mit einer schnellen Runde von 2:14,916 min die erste Richtzeit vor, Zweiter war sein Bruder Pol, dessen Rückstand aber bereits 1,080 sec betrug. Auf Platz 3 lag der zweite KTM-Pilot Bradley Smith, der sieben Minuten vor Schluss Platz 1 übernahm. Stefan Bradl Elfter mit einem Rückstand von 3,446 Sekunden auf die Bestzeit. Aufgrund der immer weiter abtrocknenden Strecke wurden auch die Rundenzeiten immer schneller und die Positionen wechselten am laufenden Band. Fünf Minuten vor Ende warf der bis dahin führenden Bradely Smith seine KTM in Kurve 11 weg, konnte aber schnell wieder aufsteigen und weiterfahren. Die Spitze hatte mittlerweile Aleix Espargaró übernommen und Lorenzo-Ersatzmann Pirro war Zweiter. KTM-Pilot Pol Espargaró war auf Platz 7 zurückgefallen. Stefan Bradl hatte sich auf Rang 9 vorgearbeitet. Tom Lüthi war Achter. In der letzten Minute waren immer Aleix Espargaró und Michele Pirro die beiden Fahrer, die die Tickets für einen Einzug in Q2 hielten, dann kam aber Álavaro Bautista und setzte sich an die Spitze. Auch Smith griff auf seinem Ersatzbike noch einmal an, musste sich am Ende aber mit Rang 7 begnügen. Scott Redding hatte sich in letzter Minute noch auf Platz 3 nach vorne schieben können, letztlich fehlten ihm dann aber doch 0,451 sec auf Platz 2 und einen Einzug in Q2. Dritter war Pirro vor Siemon, Pol Espargaró, Smith, Lüthi und Morbidelli. Stefan Bradl beendete das Qualifying als Zehnter.