In den ersten zehn Minuten des 40-minütigen FP3 wagte sich nur Lorenzo Baldassarri auf die abtrocknende Strecke, nach und nach gesellten sich auch seine 31 Kollegen dazu. 15 Minuten vor Schluss führte WM-Leader Alex Marquez in 2:02,585 min, womit der Spanier nur noch eine knappe Sekunde über der Freitag-Bestzeit von Fabio Di Giannantonio (2:01,695 min) lag. Dann übernahm mit 2:02,304 Marcel Schrötter aus dem deutschen Team Dynavolt Intact GP die Spitze, wurde in den letzten Minuten aber noch von Bulega, Baldassarri und Fernandez überflügelt. Schrötter und sein Teamkollege Tom Lüthi fielen gegenüber Freitag um je einen Platz zurück, auf 5 und 7. Dominique Aegerter (MV Agusta Forward) muss als 20. ins Q1, ebenso Lukas Tulovic als 26. Jonas Folger, der am Freitagabend vom Team Petronas KTM für den verletzten Khairul Idham Pawi erneut als Ersatz verpflichtet wurde, landete auf Platz 28, Philipp Öttl aus dem Team Red Bull KTM Tech3 wurde 30. Für das zweiteilige Qualifying am Samstag ab 15.05 Uhr kommen die Top-14 nach den drei freien Trainings direkt ins Q2, in dem die Startplätze 1 bis 18 ausgefahren werden. Alle weiteren müssen ins Q1, aus welchem die vier Schnellsten noch ins Q2 rutschen. Die Fahrer ab Platz 5 im Q1 nehmen im Rennen die Startplätze 19 bis 32 ein. Brünn-GP, Ergebnisse FP3: 1. Nicolo Bulega, 2:01,747 min 2. Lorenzo Baldassarri, +0,044 3. Augusto Fernandez, +0,165 4. Marcel Schrötter, +0,235 5. Enea Bastianini, +0,295 6. Xavier Vierge, +0,311 7. Bo Bendsneyder, +0,386 8. Jorge Martin, +0,414 9. Alex Marquez, +0.457 10. Jorge Navarro, +0,484 15. Dominique Aegerter, +0,611 21. Tom Lüthi, +1,161 24. Lukas Tulovic, +1,390 27. Jonas Folger, +1,524 30. Philipp Öttl, +3,132 Kombinierte Zeitenliste nach FP3: 1. Fabio Di Giannantonio, 2:01,695 min 2. Nicolo Bulega, +0,035 sec 3. Tetsuta Nagashima, +0,063 4. Lorenzo Baldassarri, +0,096 5. Marcel Schrötter, +0,190 6. Augusto Fernandez, +0,191 7. Tom Lüthi, +0,207 8. Alex Marquez, +0,268 9. Jorge Navarro, +0,278 10. Sam Lowes, +0,283 20. Dominique Aegerter, +0,663 26. Lukas Tulovic, +1,442 28. Jonas Folger, +1,576 30. Philipp Öttl, +2,638