Die Zeitenjagd ging im Moto3-Qualifying auf dem Sachsenring schon früh los: Aron Canet brannte bereits bei seinem zweiten Umlauf eine Rundenzeit von 1:27,329 min in den Asphalt und stellte damit die bis dato schnellste Moto3-Runde des Deutschland-Wochenendes auf. Lange währte die Freude darüber allerdings nicht, denn Joan Mir, der im dritten Training noch die Bestzeit aufgestellt hatte, unterbot diese Bestmarke um zehn Tausendstel. Doch auch der Spanier musste sich kurz darauf durchreichen lassen, denn erst setzte sich Marcos Ramirez an die Spitze und kurz darauf schnappte sich Tony Arbolino mit 1:27,228 min die erste Position. Der 16-jährige Italiener blieb allerdings nur wenig schneller als der KTM-Pilot an der Spitze. Nach der ersten Viertelstunde belegten Arbolino, Ramirez, Mir, Canet, Romano Fenati, Philipp Öttl, Juanfran Guevara, Nicolò Bulega, Gabriel Rodrigo und Bo Bendsneyder die ersten zehn Plätze. Doch dabei blieb es nicht, denn Bulega legte 22 Minuten vor dem Ende des Qualifyings mit 1:27,053 min nach und sicherte sich damit die Spitzenposition. Doch auch der Italiener aus dem Sky Racing Team VR46 musste sich kurz darauf geschlagen geben: WM-Leader Mir sorgte mit 1:26,933 min für eine neue Bestzeit. Noch bevor die letzten zehn Minuten angebrochen waren, fielen die ersten Regentropfen und sorgten damit für Ruhe am Sachsenring. Mir belegte zu diesem Zeitpunkt mit 1:26,933 min immer noch die erste Position vor Bulega, Ramirez, Arbolino, Canet, Fenati, Öttl, Guevara, Tatsuki Suzuki, Rodrigo, Livio Loi, Bendsneyder, Darryn Binder, Jakub Kornfeil, Kaito Toba, Adam Norrodin, Danny Kent, Marco Bezzecchi, John McPhee, Fabio Di Giannantonio, Lorenzo Dalla Porta, Enea Bastianini, Raul Fernandez, Ayumu Sasaki, Jules Danilo, Andrea Migno, Manuel Pagliani, Maria Herrera, Patrik Pulkkinen, Tim Georgi, Nakarin Atiratphuvapat an. Die Zwangspause dauerte nur einige Minuten, danach füllte sich die Strecke schnell wieder. Mir schaute sich das Ganze an und entschied sich in den letzten Minuten noch einmal auszurücken. Zu Recht, denn Canet setzte sich mit 1:26,688 min an die Spitze. Mir, Bulega, Ramirez, Arbolino, Fenati, Öttl, Bendsneyder, Bastianini und McPhee komplettierten die Top-10.