In der Anfangsphase des Qualifyings auf dem TT Circuit Assen setzte sich Rookie Jorge Navarro aus dem Team Estrella Galicia 0,0 an die Spitze vor Efren Vazquez und Teamkollege Fabio Quartararo. Es war erneut Danny Kent, er dominierte bisher alle Trainings, der Navarro von Platz 1 verdrängte. Zur Halbzeit hatte sich KTm-Pilot Karel Hanika mit 1:41,683 min am WM-Leader vorbeigedrängt. In Kurve 9 stürzte Mahindra-Pilot Francesco Bagnaia. Acht Minuten vor Schluss stand noch immer Karel Hanika an der Spitze. Er hatte jedoch nur 0,016 sec Vorsprung auf Danny Kent. Dahinter reihten sich Miguel Oliveira und Fabio Quartararo ein. Philipp Öttl lag auf dem 15. Rang. Der WM-Zweite Enea Bastianini setzte sich vier Minuten vor Schluss auf Platz 1. Er war ganze vier Zehntel schneller als Hanika. Philipp Öttl arbeitete sich wieder auf Platz 12 nach vorne. Mit 1:41,283 min sicherte sich Bastianini die zweite Pole-Position seiner Karriere. Die erste fuhr er beim letzten Grand Prix in Barcelona ein. Hinter den Honda-Pilot reihten sich Jorge Navarro (Honda), der 0,335 sec einbüßte, Karel Hanika (KTM), Danny Kent (Honda) und Isaac Viñales (Husqvarna) ein. Philipp Öttl startet am Samstag von einem guten zwölften Platz mit der KTM des Schedl-Teams. Wildcard-Pilot Kevin Hanus startet von der 36. Position.