Pedrosa sorgte bereits am Anfang der 60-minütigen Session für die ersten ernstzunehmden Rundenzeiten. Nach 14 Minuten brauste der Repsol-Pilot als Erster mit einer 1.57er Rundenzeit über den Zielstrich und führte damit die Zeitentabelle an. Sein Hauptgegner im Kampf um die Pole-Position waren erwartungsgemäss Casey Stoner (AUS/Honda) und Jorge Lorenzo (E/Yamaha), der kurz nach Pedrosa ebenfalls auf Bestzeitkurs lag, seine schnelle Runde jedoch vorzeitig abbrach. WM-Leader Casey Stoner liess die Session gemütlich angehen und begnügte sich mit einer Position im hinteren Drittel. Dann stürmte der Australier aber von Platz 14 auf die zweite Position nach vorne und fuhr bis auf 33/1000 sec an die Zeit seines Teamkollegen heran. Der Stand nach 20 von 60 Minuten: Pedrosa, Stoner, Lorenzo, Spies, Simoncelli, Bautista, Crutchlow, Dovizioso, Edwards, Rossi, Aoyama, Barbera, Hayden, Capirossi, De Puniet, Abraham, Elias. Mit seiner siebten Runde knackte Stoner die Pedrosa-Bestzeit. Hinter den beiden Repsol-Piloten folgen die beiden Werks-Yamaha von Lorenzo und Spies. Einen tollen Job erledigt Alvaro Bautista auf Position 5. Nach 30 von 60 Minuten schraubt Stoner die Bestzeit um weitere 96/1000 sec nach unten. Jorge Lorenzo hatte sich mittlerweile an Pedrosa vorbei auf Position 2 geschoben. Marco Simoncelli markierte zwischenzeitlich die viertschnellste Zeit. Für Ducati schaut es im Qualifying alles andere als gut aus. Valentino Rossi auf Position 11 ist am besten platziert, die übrigen Ducati-Piloten folgen ab Platz 13 (De Puniet, Barbera, Abraham, Hayden, Capirossi). Der Stand nach 40 von 60 Minuten: Stoner, Lorenzo, Pedrosa, Simoncelli, Spies, Dovizioso, Edwards, Aoyama, Crutchlow, Bautista, Rossi, Elias, De Puniet, Barbera, Abraham, Hayden, Capirossi. 15 Minuten vor Schluss wird es allmählich spannend: Ben Spies, der schon mit einem Superbike in Brünn gewinnen konnte, schiebt sich an seinen Temkollegen Lorenzo vorbei. Doch Lorenzo ist selbst auf einer schnellen Runde unterwegs und übernimmt mit 1.56,704 min die Führung. Der Yamaha-Pilot kann sich aber nur kurz darüber freuen: Pedrosa verdrängt den Yamaha-Piloten von der Spitze. Die letzten fünf Minuten wird es voll auf der Strecke, doch es bleibt bei persönlichen Verbesserungen – auch bei Dani Pedrosa, der in Brünn in 1.56,591 min seine erste Pole-Position der Saison 2011 erreicht. Startplatz 2 geht an Jorge Lorenzo, die erste Reihe komplettiert Casey Stoner. Eine interessante Paarung steht in Reihe 2: Ben Spies (Yamaha), Marco Simoncelli und Valentino Rossi hatten sich bereits in so manchem Rennen erfrischende Positionskämpfe geliefert. Sturzpech in der Schlussphase hatten Cal Crutchlow (GB/Yamaha), Karel Abraham (CZ/Ducati) und Randy De Puniet (F/Ducati).