Das dritte Training begann mit einem frühen Sturz von Toprak Razgatlioglu, der nach zwei Trainings mit 1,8 sec Rückstand nur 18. war. Besser machte es Ducati-Junior Michael Rinaldi, der sich sukzessive steigerte und auf der siebten Position auftauchte. Weitere Verbesserungen gab es während der ersten zehn Minuten in den Top-10 nicht. Entscheidendes tat sich auch in den ersten 30 Minuten nicht, erst im Finale wurden die Piloten munter, um sich einen Platz in den Top-10 und damit die direkte Qualifikation für die Superpole 2 zu sichern. Doch neun Minuten vor dem Ende wurde die Session nach einem Motorschaden von Rinaldi abgebrochen. Der junge Italiener verteilte das Öl seiner Panigale R zielsicher auf der Ideallinie zwischen den Kurven 4 und 5. Als die Session neu gestartet wurden, gingen alle Piloten auf die finale Zeitenjagd. In 1:59,403 min unterbot Jonathan Rea seine eigene Bestzeit um wenige 1/1000 sec und beendete die Trainings mit 0,268 sec Vorsprung auf seinen Kawasaki-Teamkollegen Tom Sykes als Schnellster. Hinter den beiden Kawasaki-Werkspiloten reihte sich Marco Melandri (+ 0,392 sec) als bester Ducati-Pilot ein – mit drei Laufsiegen ist der Italiener der erfolgreichste aktive Superbike-Pilot in Brünn. Chaz Davies wurde Sechster. Die beste Aprilia pilotierte der Italiener Lorenzo Savadori auf die vierte Position, noch vor Yamaha-Werkspilot Alex Lowes (5.). Donington-Doppelsieger Michael van der Mark (Yamaha) lag bis kurz vor Ende der Session außerhalb der Top-10, erreichte am Ende aber doch die siebte Position. Die zweiwöchige Rennpause nach Donington tat vor allem Leon Camier (Red Bull Honda) und Eugene Laverty (Aprilia) gut, die bei ihren Heimrennen noch an den Folgen ihrer Verletzungen zu leiden hatten. In die Top-10 schaffte es aber nur der Honda-Pilot als Neunter, Laverty muss als Elfter am Samstag in der Superpole 1 antreten. Die Top-10, die direkt für die Superpole 2 qualifiziert sind, werden von Loris Baz mit der Althea BMW komplettiert. Enttäuschend verliefen die freien Trainings für Barni-Pilot Xavi Fores. Kämpfte der Ducati-Kundenpilot in den ersten fünf Meetings noch munter in den Top-5, wurde der Spanier am Freitag in Brünn als 15. geschlagen. In der Superpole 1 treten an: Laverty, Leandro Mercado (Kawasaki), Jordi Torres (MV Agusta), Roman Ramos (Kawasaki), Fores, Yonny Hernandez (Kawasaki), Ondrej Jezek (Yamaha), Jake Gagne, PJ Jacobsen (beide Honda).