Das Meeting in Portimão findet ohne Anthony West statt, der von der FIM wegen einer positiven Doping-Probe mit sofortiger Wirkung gesperrt wurde. Ebenfalls nicht mehr dabei ist der Teamkollege von Sandro Cortese bei Kallio Yamaha, Loris Cresson. Der Belgier hatte sich bei einem Sturz am Freitag das linke Schlüsselbein gebrochen hatte. GRT Yamaha-Werkspilot Federico Caricasulo läutete drei Minuten vor Ende der Superpole in 1:44,813 min mit der ersten Rundenzeit unter 1:45 min die heiße Phase ein. Sofort legte Weltmeister Lucas Mahias nach und übernahm in 1:44,588 min die Führung. Zeitgleich war auch Sandro Cortese auf einer schnellen Runde mit Sektorbestzeiten unterwegs, doch nach einem Hinterradrutscher in der Zielkurve verpasste der WM-Leader um 0,3 sec die Poleposition. Neben Mahias und Caricasulo startet der Deutsche Kallio Yamaha-Pilot aus der ersten Reihe in das morgige Rennen. Die zweite Startreihe beginnt mit Jules Cluzel vom kriselnden Nerds Racing Team. Bester Nicht-Yamaha-Pilot wurde einmal mehr Raffaele De Rosa (MV Agusta) auf der fünften Position. Der Schweizer Randy Krummenacher (Bardahl Evan Bros) erreichte Platz 6. Pech hatte Luke Stapleford, der nach seinem Wechsel von Triumph auf Yamaha immer besser in Schwung kommt. Der Brite stürzte jedoch auf seiner ersten fliegenden Runde und muss ohne Rundenzeit als Zwölfter starten. Héctor Barberá, der mindestens bis zum Saisonende die Weltmeister-Kawasaki des zurückgetretenen Kenan Sofuoglu pilotieren wird, gelang ein ordentlicher Einstand in der Supersport-WM. Der Spanier, der nach einer privaten Alkoholfahrt von seinem Moto2-Team gekündigt wurde, verfehlte als Dritter der SP1 nur knapp die SP2. Der Österreicher Thomas Gradinger musste als Zwölfter am Freitag zuerst in der Superpole 1 antreten, verpasste dort aber in 1:47,185 min den Sprung in die finale Session. Der Yamaha-Pilot wird als 15. in das morgige Rennen starten. Chris Stange, der in Misano mit GoEleben Kawasaki in der Supersport-WM debütierte, qualifizierte sich in 1:48,499 min auf der 24. Position.