Schon zu Beginn der zweiten Runde war das Rennen für Spies vorbei: Ende der Geraden donnerte der Yamaha-Pilot geradeaus ins Kiesbett. Bereits in Runde 1 krachten die CR-Piloten Randy de Puniet (F/ART) und Yonny Hernandez (COL/FTR) ins Aus. Stefan Bradl überholte Dovizioso in Runde 2, der noch geschwächte Stoner wurde von Alvaro Bautista gestellt, doch absetzen konnte sich der Gresini-Pilot vom Australier vorerst nicht. Nach fünf Runden lagen Lorenzo/Pedrosa bereits um zwei Sekunden in Front, Crutchlow fuhr einsam auf Platz 3. Mit 1,4 sec Rückstand folgen Bautista, Stoner, Bradl und Doviszioso. Rossi liegt weitere zwei Sekunden zurück. Während die beiden Spanier an der Spitze immer weiter davonziehen, werden die Abstände auch auf den weiteren Positionen immer grösser. Nach 13 von 24 Runden liegt Crutchlow bereits 5 sec zurück, mit Bautista in seinem Windschatten. Stoner und Dovizioso folgen mit weiteren 3,5 sec Rückstand. Stefan Bradl liegt als Siebter bereits um 13 sec zurück. Pedrosa übernimmt nach einen kleinen Fahrfehler von Lorenzo bei Rennhalbzeit die Führung - und der kleine Repsol-Pilot zeigte, dass die Pace seines Landsmanns kein Problem für ihn darstellte. Mit jeder Runde setzte sich Pedrosa vom WM-Leader ab und sah nach 24 Runden mit 4,2 sec Vorsprung auf Lorenzo ungefährdet als Sieger das Ziel. Um Platz 3 rauften sich Crutchlow und Bautista. Der Gresini-Pilot überholte den Briten erstmals in Runde 21, doch der Brite kämpfte verbissen um den letzten Podiumsplatz - bis seine Yamaha-M1 in der letzten Runde ausrollte. Bautista fährt somit nach Misano erneut als Dritter über den Zielstrich und macht damit auch das rein spanische Podium perfekt. Die weiteren Platzierungen Dovizioso, Stoner, Bradl, Rossi - allesamt mit zum Teil grossen Abständen zum Vorder- und/oder Hintermann. Yamaha schickte den Japaner Katsuyuki Nakasuga mit einer Wild-Card ins Motegi-Rennen. Der Japaner erledigte einen famosen Job und klebte rundenlang wie ein Schatten am Hinterrad der Ducati von Nicky Hayden. Auf dem Zielstrich fehlten dem Lokalmatador lediglich 70/1000 sec zu Rang 8. Die Ducati-Kunden-Piloten Hector Barbera (E/Pramac) und Karel Abraham (CZ/Cardion) waren für Nakasuga kein Problem, sie folgten mit über 30 sec Rückstand auf den Rängen 10 und 11! Bester Claiming-Rule-Pilot wurde Aleix Espargaro (E/ART) auf Platz 12. Colin Edwards (USA) sah mit der Suter-BMW als 13. das karierte Tuch.