Bereits beim ersten Meeting in Phillip Island holte der Yamaha-Pilot die erste Pole-Position der Saison - ein Vorgeschmack auf das, was im Laufe des Jahres noch kommen würde. Aber die erste Kurve in Lauf 1 wurde dem 25-Jährigen zum Verhängnis: Im dichten Gedrängel kam er von der Piste ab und kam nur als 16. ins Ziel. Dafür schnappte sich Spies den Sieg im zweiten Lauf. Spätestens nachdem der Texaner in Katar einen Doppelsieg nebst Pole-Position und schnellster Rennrunde feierte, galt er als ernstzunehmender Rivale für Noriyuki Haga, der als klarer WM-Favorit in die Saison gestartet war. Doch Spies blieb nicht ohne Fehler: Stürze in Valencia (Vorderradrutscher) und Assen (Highsider) machten sich in der WM-Wertung nicht gerade positiv bemerkbar. Und auch die Technik wollte nicht immer mitmachen. In Monza rollte die Yamaha-R1 in Führung liegend mit Spritmangel aus; Spies bekam statt 25 Punkten nur einen für Rang 15. Nur eine Woche später liess ein banales Bauteil Spies scheitern: Der Schalthebel war gebrochen und das Rennen gelaufen! An der Spitze wurde der japanische Ducati-Pilot seiner Favoritenrolle indes gerecht und hatte nach dem Meeting in Kyalami/Südafrika bereits 88 Punkte mehr auf dem Konto als der US-Boy. Allerdings wendete sich das Blatt zu Gunsten des Amerikaners ab dessen Heimrennen in Salt Lake City: Zuerst holte er seine siebte Pole-Position in Folge, dann krönte er das Wochenende mit einem Doppelsieg; in Donington wiederholte er dieses Kunststück. Gleichzeitig geriet Haga in ein fahrerisches Tief und büsste nach mässigen Ergebnissen jede Menge Punkte ein. Obwohl Spies im ersten Lauf in Brünn von Hagas Teamkollegen Michel Fabrizio vom Motorrad geholt wurde, wechselte auf dem Nürburgring erstmals die WM-Führung.