Markus Reiterberger markierte bereits im ersten Training die famose fünfbeste Rundenzeit, sein Rückstand auf Leader Tom Sykes (Kawasaki) betrug jedoch über 0,9 sec. Die Kräfteverhältnisse änderten sich im zweiten Qualifying nachhaltig! Schon nach wenigen Minuten brannte der junge BMW-Pilot in 2.05,446 min eine neue Bestzeit in den Asphalt. Der 21-Jährige knackte später mit einer sehr respektablen Zeit von 2.04,885 min als Erster die 2.05er Marke. Erst 24 min vor dem Ende wurde der Althea-Pilot von Sykes von der Spitze verdrängt – um 0,1 sec. Damit war der Kampf um Platz 1 auch offiziell eröffnet, die nächste Bestzeit kam nur wenige Minuten später von Imola-Doppelsieger Chaz Davies (Ducati), der im ersten Quali nur den verhaltenen zwölften Rang belegte. Sensationell übernahm elf Minuten vor dem Ende BMW-Pilot Jordi Torres die Führung der Zeitenliste, doch der Spanier konnte sich nicht lange daran erfreuen und wurde von Nicky Hayden (Honda) und Alex Lowes (Yamaha) auf Rang 3 durchgereicht. Die letzten Minuten gehörten Superbike-Rookie Lorenzo Savadori: Mit einer starken Vorstellung rückte der Italiener die Aprilia RSV4 wieder ins rechte Licht und brannte in 2.03,951 min als Einziger Teilnehmer eine Rundenzeit unter 2.04 min in den Asphalt. Sein Iodaracing-Teamkollege Alex de Angelis wurde Zwölfter. Nach dem Desaster in Imola präsentierte sich Honda in Sepang wie ausgewechselt. Im ersten Qualifying auf den Positionen 3 und 4, holte US-Star Nicky Hayden am Ende des Tages insgesamt den tollen zweiten Rang. Teamkollege Michael van der Mark reihte sich als Siebter ein. Markus Reiterberger steigerte sich im Verlauf der Session auf eine Rundenzeit von 2.04,239 min und wurde starker Dritter! Mit seiner Chaosrunde sicherte sich der einzige Yamaha-Pilot Alex Lowes die vierte Position. Die meiste Zeit lag der Brite nur im Bereich der Top-10. Ducati hatte im ersten Qualifying grosse Schwierigkeiten und schaffte es mit keinem Motorrad in die Top-10, erst auf Rang 12 folgte Imola-Doppelsieger Chaz Davies. Im zweiten Zeittraining erreichte Davide Giugliano die fünfte Position, Davies wurde Achter. Kräftig unter die Räder kam im zweiten Qualifying die Kawasaki-Werkspiloten. Während sich Pedercini-Ass Anthony West mit einem Kundenmotorrad sensationell Platz 9 sicherte, reihte sich Weltmeister Jonathan Rea nur auf Rang 10 ein – Tom Sykes schaffte als Elfter nicht einmal die direkte Qualifikation für die Superpole 2. Wie groß der Vorteil von Streckenkenntnissen sind, konnte man in Sepang gut bei Milwaukee BMW beobachten. Der normalerweise stets schnellere Josh Brookes (17.) büsste ohne Streckenkenntnisse 2,9 sec auf die Bestzeit ein, der ehemalige MotoGP-Pilot Karel Abraham hingegen nur 1,9 sec. Als Ersatz für den verletzten Roman Ramos pilotiert Gianluca Vizziello in Sepang erneut die Grillini Kawasaki. Im ersten Quali lieferte der Italiener Platz 18 und den einziger Sturz der Session ab, im zweiten Zeittraining Platz 19 und einen weiteren Sturz. Dominic Schmitter strandete mit 4,9 sec Rückstand auf Platz 20.