Raul Fernandez, Makar Yurchenko, Alonso Lopez und Can Öncü qualifizierten sich als die Top-4 aus dem Qualifying 1 fürs Qualifying 2, wo sie sich zu den 14 Schnellsten nach den drei freien Trainings gesellten. Während FP1 und FP2 am Freitag im Trockenen stattfanden, wurde FP3 am Samstagmorgen im Nassen ausgetragen – der Spanier Jaume Masia fuhr in 2:16,962 min Bestzeit. Pünktlich zum Start von Q2 wurde der Regen stärker, an Masias Zeit kamen die Piloten im Qualifying deshalb nicht heran. John McPhee sorgte in 2:19,946 für eine Bestzeit, die eine Weile hielt. In den letzten drei Minuten änderten sich die Fahrer an der Spitze laufend, mit jeder gefahrenen Runde bekamen die Piloten mehr Vertrauen. In der letzten gezeiteten Runde sicherte sich Tony Arbolino (VNE Snipers Honda) in 2:18,020 min die Pole-Position, die Honda-Piloten McPhee und Nicolo Antonelli komplettieren die erste Startreihe. Fernandez beendete das Quali mit einem Sturz, als er auf P3 lag – nur Startplatz 5 und damit beste KTM. Filip Salac aus dem sächsischen Team Redox Prüstel KTM wurde 14., WM-Leader Lorenzo Dalla Porta strandete auf Platz 17. Ergebnisse Moto3-Qualifying Brünn: 1. Arbolino, 2:18,020 min 2. McPhee, +0,400 sec 3. Antonelli, +0,802 4. Suzuki, +0,833 5. Fernandez, +0,855 6. Canet 7. Yurchenko 8. Masia 9. Ogura 10. Lopez 11. Fenati 12. Toba 13. Can Öncü 14. Salac 15. Migno 16. Vietti 17. Dalla Porta 18. Ramirez