Nur die schnellsten zwei Piloten des Qualifyings 1 rücken zu den Top-10 der ersten drei freien Trainings in das Qualifying 2 auf. Im Q2 werden dann die Startplätze 1 bis 12 vergeben. In Motegi musste unter anderem Danilo Petrucci und Alvaro Bautista in Q1 behaupten und um einen Einzug in Q2 kämpfen. Die erste schnellste Runde fuhr dann aber Lokalmatador Takaaki Nakagami auf seiner Honda. Mit einer Runde von 1:46,461 war er allerdings nur um 0,092 sec schneller als Aprilia-Pilot Aleix Espargarò. Sieben Minuten vor Ende des Q1 übernahm Petrucci Platz 1 und war um 0,207 sec schneller als Nakagami. Dem saß aber KTM-Pilot Bradley Smith im Nacken. Der Brite war nur 0,070 sec langsamer. Fünf Minuten vor Schluss starteten die 15 Piloten ihre nächsten Angriffe auf einen der beiden vorderen Plätze, den Einzug in den zweiten Teil des Qualifyings und eine Startposition unter den ersten Zwölf. Die ersten beiden, die versuchten, dem Italiener und Japaner auf Platz 1 und 2 gefährlich zu werden, waren Alvaro Bautista und Franco Morbidelli, und Bautista schaffte es, Nakagami auf Rang 3 zu verdrängen. Dann kam aber Morbidelli und setzte sich seinerseits auf Platz 2. Und dann war plötzlich Bradley Smith (Red Bull KTM) mit einer Runde von 1:45,722 auf Platz 1 vor Petrucci. Zwei Minuten vor Ablauf der Zeit schmiss Franco Morbidelli in Kurve 12 seine Marc VDS-Honda ins Kiesbett, während Nakagami mit einer 1:45,656 Platz 1 übernahm – aber Bautista war um 0,227 sec schneller und Erster. Dritter wurde Smith vor Pol Espargaró und Danilo Petrucci. Dahinter reihten sich Hafizh Syahrin, Morbidelli, Karel Abraham Aleix Espargaró und Nakasuga auf den Plätzen 6 bis 10 ein. Tom Lüthi wurde 13.