Im zweiten MotoGP-Training auf dem Twin Ring Motegi setzte sich nach sieben Minuten Andrea Dovizioso mit 1:45,680 min an die Spitze, wenige Sekunden übertrumpfte ihn der wieder in absoluter Hochform fahrende Jorge Lorenzo mit einer Zeit von 1:45,619 min. Repsol-Honda-Werkspilot Marc Márquez setzte sich trotz seiner beim Mountainbiken erlittenen Handverletzung (Mittelhandknochen links gebrochen und operiert) mit 1:45,529 min auf den zweiten Platz. Lorenzo liegt seit dem Aragón-Triumph mit 39 MotoGP-Triumphen in der Ewigen Bestenliste an vierter Stelle, was die GP-Siege in der Königsklasse betrifft, nur Agostini, Rossi und Doohan waren erfolgreicher. Nach 15 Minuten der 45-Minuten-Session lag Lorenzo 0,102 sec vor Márquez, Iannone, Dovizioso, Rossi, Pedrosa, Aleix Espargaró, Smith, Pol Espargaró und Crutchlow. 11. Takahashi. 12. Vinales. 13. Barbera. 14. Petrucci. 18. Bradl mit 1:47,518 min. Der deutsche Aprilia-Werksfahrer hatte im FP1 bereits 1:46,371 min geschafft und seinen Teamkollegen Bautista um 0,933 sec distanziert. Nach 19 Minuten rückte Bradl mit 1:47,304 min auf Platz 16 vor, Bautista lag jetzt an 14. Stelle mit 1:47,174 min. Lorenzo hatte schon im FP1 mit der Bestzeit von 1:45,432 min geglänzt, Marc Márquez war am Vormittag über Platz 7 nicht hinausgekommen, Rossi war im FP1 Dritter hinter Lorenzo und Iannone. 18 Minuten vor Schluss des zweiten Trainings hielt sich Lorenzo mit 1:45,426 min unverändert an erster Stelle vor Márquez. Iannone jetzt Dritter mit 1:45,586 min vor Dovi und Rossi, der 0,354 sec hinter Lorenzo lag. Stefan Bradl war nach einem Boxenstopp an die 21. Position abgerutscht. Dann steigerte sich Dovizioso auf 1:455,624 min, er blieb Vierter, aber die Top-4 waren jetzt nur noch durch 0,198 sec getrennt! Bradl rückte mit einer 1:47,163 min-Runde auf Platz 17 vor, Bautista lag mit nur 0,11 sec Rückstand an 18. Stelle. Bradl steigerte sich in der nächsten Runde auf 1:46,954 min, das hiess Platz 15; der Bayer war damit immer noch 0,6 sec langsamer als im FP1. Zwölf Minuten vor Schluss ging Rossi mit frischen Reifen auf die Strecke, um seine Zeit von 1:45,780 min und seinen fünften Rang (vor Pedrosa, Aleix Espargaró und Smith) zu verbessern. Aber es gelang ihm nicht auf Anhieb, er lag auch fünf Minuten vor Schluss noch an fünfter Stelle. Dann sorgte Bradley Smith für eine Riesenüberraschung: Er fuhr mit 1:45,358 min rund 4 Minuten vor Schluss eine neue Bestzeit, der Suzuka-8h-Sieger liess damit Lorenzo um 0,068 sec hinter sich. Im selben Augenblick rutschte Nakasuga auf der Yamaha aus. Jorge Lorenzo machte sich sofort auf, um sich den ersten Platz zurückzuholen. Er fuhr eine Sektorbestzeit nach der andern – und fuhr als erster Pilot mit 1:44,731 min unter die 1:45-min-Barriere. Dovi erkämpfte mit 0,368 sec Rückstand die zweitbeste Zeit vor Smith. 4. Márquez. 5. Iannone, Rossi nur noch Neunter! Nach 45 Minuten lag Lorenzo an der Spitze mit 1:44,731 min, dahinter Pedrosa mit 1:44,859 min. 3. Iannone. 4. Dovizioso. 5. Smith. 6. Aleix Espargaró. 7. Màrquez. 8. Rossi, mit 0,823 sec Rückstand zu Lorenzo. 9. Pol Espargaró. 10. Barbera. 11. Crutchlow. 12. Redding. 13. Vinales. 14. Miller. – ferner: 17. Bradl, 1:46,649. 22. Bautista, 1:46,974. Aber in der Gesamtwertung der beiden Freitag-Trainings rückte Bradl dank seiner FP1-Zeit auf Platz 13 vor.