1:59,982 min ist in Brünn nach wie vor die schnellste Zeit, die an diesem Wochenende gefahren wurde. Obwohl die Temperaturen wesentlich tiefer als am Freitag sind, konnten sich fast alle Fahrer verbessern – Biaggi allerdings nicht. Ben Spies steigerte sich um 0,4 sec, kam an die Zeit von Biaggi aber nicht heran. Während in den ersten beiden Sektoren zahlreiche Fahrer schneller als der Römer waren, trumpfte dieser im letzten auf. Spies hatte am Freitag noch betont, dass er es nicht darauf angelegt habe Bestzeit zu fahren. "Ich habe mich vor allem aufs Renn-Set-up konzentriert", bemerkte der Texaner. "Heute haben wir weitere Fortschritte gemacht, unsere Performance ist gut." Jakub Smrz brachte als Dritter die tschechischen Fans in Wallung. "Es ist wirklich hart, mich auf meine Arbeit zu konzentrieren", gab der belagerte Ducati-SPilot zu. "Am Freitag hatten wir noch einige Probleme, jetzt geht es in die richtige Richtung." Die BMW-Werksfahrer Troy Corser und Ruben Xaus verloren als 9. und 13. zwar Plätze gegenüber dem Vortag, der Rückstand zur Spitze blieb aber gleich. Der schmerzgeplagte WM-Leader Noriyuki Haga (Ducati Xerox) schaffte als 18. gerade so den Einzug in die Superpole-Sessions am Nachmittag. In der letzten Qualifying-Runde stürzte Broc Parkes, der Australier blieb unverletzt. Roland Resch verlor über vier Sekunden auf Biaggi. Obwohl es zahlreiche Fortschritte an seiner Suzuki gibt, hat er nach wie vor Probleme mit der Vordergabel und wird dazu von einer Sommergrippe geplagt.