Sam Lowes ging mit 0,3 sec Vorsprung als Führender ins zweite Qualifying, doch auch eine Steigerung um 0,5 sec reichte nicht, um seine provisorische Pole-Position erfolgreich zu verteidigen. Der Brite rutschte auf Startplatz X ab. Schneller als der PTR-Pilot umrundete vor allem Broc Parkes (AUS/Honda) die anspruchsvolle Piste in der Algarve. In 1.45,408 min holte sich der Ten Kate-Pilot nach Phillip Island die zweite Pole-Position der Saison. Als Zweiter geht Fabien Foret in das morgige Rennen. Der 39-Jährige Kawasaki-Pilot präsentiert sich in Portimao in ausgesprochen guter Form und verpasste die Pole-Position nur um 50/1000 sec. Die PTR-Piloten Jules Cluzel (F) und Sam Lowes komplettieren die erste Startreihe. Ein starkes Qualifying absolvierte Yaknih-Pilot Vladimir Leonov. Trotz Sturz in der Schlussphase stellte der Russe seine Yamaha auf den guten sechsten Startplatz. Mit ihm starten die Kawasaki-Piloten Sheridan Morais (RSA/5.), Kenan Sofuoglu (TR/7.) und Florian Marino (F/8.) aus der zweiten Startreihe. Mit 3,7 sec Rückstand qualifizierte sich Yves Polzer auf Startplatz 30.