Nach dem ersten freien Training auf dem Motegi-Twin-Ring platzierte sich WM-125-Leader Nicolas Terol auf dem ersten Platz, gefolgt vom Dauerrivale Johann Zarco und dem Spanier Maverick Vinales. Jonas Folger, zurück auf seiner Werksaprilia, glänzte mit Platz 5. Sandro Cortese holte Platz 9, Marcel Schrötter Platz 12. Nach acht Trainingsminuten im zweiten freien Training mussten die Streckenposten bereits zum ersten Mal die gelben Flaggen schwenken. Efren Vazquez vom Team Avant-AirAsia-Ajo und der Red-Bull-Rookie Brad Binder waren gestürzt. Während Binder sich wieder aufrappelte, wurde Vazquez mit der Trage in Richtig Medical Center transportiert. An der Spitze setzten Terol (Bankia Aspar) und Zarco (Avant-AirAsia-Ajo) ihr Duell vom Vormittag fort. Ziel des Spaniers und des Franzosen war das Knacken der Zwei-Minuten-Marke, was im ersten Training nur Terol in seiner letzten Runde gelungen war. Bis zur Trainingshalbzeit hatte allerdings noch keiner der Piloten die magische Marke unterboten. Terol hatte mit einer Zeit von 2.00,857 vorgelegt. Ähnlich schnell war Folger auf Platz 2 unterwegs. Der Bayer hatte aber nur zwei Minuten Spass an zweiten Rang, denn Zarco setzte sich mit einer 2.00,460 an die Spitze, der wiederum von Terol verdrängt wurde. In ähnlichem Takt setzte sich das Wechselspiel des Trainings fort. Zehn Minuten vor Trainingsende rollten die ersten sieben Fahrer der Zeitenliste in die Box, um sich für die letzten Trainingsminuten zu rüsten. Die Zwei-Minuten-Marke hatte bis zu diesem Zeitpunkt weiter Bestand. Mit einer Zeit von 2.00,090 war Terol zwar am nächsten dran, doch vor allem im dritten Sektor ging es dem Spanier noch nicht perfekt von der Hand. Bei noch sieben zu fahrenden Trainingsminuten gelang Vinales (Blusens by Paris Hilton) der Sprung unter die Zwei-Minuten-Grenze. Der Spanier legte mit einer 1.59,273 vor und keiner konnte in den letzten Trainingsminuten die Zeit von Vinales unterbieten. Aber auch Zarco, Terol und Folger auf den Plätzen 2 bis 4 hatten den Sprung unter die zwei Minuten geschafft. Sandro Cortese lieferte ein unauffälliges Training ab und wurde Neunter. Marcel Schrötter war auf Platz 14 unterwegs, der Schweizer Giulian Pedone auf Platz 27. Einen Platz davor hatte sich der deutsche Meister aus Australien Jack Miller platziert.