Maverick Viñales und Takaaki Nakagami hatten sich im Qualifying 1 durchgesetzt und kämpften im Q2 mit um die Pole-Position. Beide hatten am Ende um die ersten Startplätze aber nichts mitzureden und landeten bei der Entscheidung um die Startplätze 1 bis 12 auf den Rängen. Zu Beginn des Qualifying 2 setzte sich Honda-Pilot Marc Márquez in einem harten Bremsmanöver gegen die Ducati von Jorge Lorenzo durch und markierte mit einer 1:46,974 eine erste Bestzeit. Lorenzos Rückstand betrug 0,124 sec. Nur 0,062 sec dahinter lag Honda-Pilot Cal Crutchlow auf Rang 3. Auf frischen Pneus starteten die zwölf Fahrer fünf Minuten vor Schluss ihre finalen Angriffe auf die besten Startplätze. Dabei verteidigte Márquez erst mal seine Bestzeit, da sich nicht ein einziger seiner Konkurrenten genug verbessern konnte, um dem Lokalmatador und WM-Leader gefährlich werden zu können. In den letzten Sekunden machten Dovizioso und auch Lorenzo ernst, während Crutchlows Angriff nach einem Sturz in der Wiese endete. Dovizioso schnappte sich die Pole, durfte sich aber nur wenige Sekunden freuen, denn Lorenzo war in seiner letzten Runde mit einer 1:64,881 um 0,014 sec schneller und holte seine 69. Karriere-Pole. Marquez musste sich mit Platz 3 zufriedengeben. Auf den Plätzen vier bis zehn folgten Cal Crutchlow (Honda), Andrea Iannone (Suzuki), Dani Pedrosa (Honda), Danilo Perucci (Ducati), Alvaro Bautista (Ducati), Alex Rins (Suzuki) und Jack Miller (Ducati). Maverick Viñales war bester Yamaha-Pilot auf Platz 11. Doch das Ergebnis aus dem Qualifying ist in Aragón nicht identisch mit der Startaufstellung, denn Viñales wurde wegen Bummelns auf der Ideallinie um drei Plätze strafversetzt, Morbidelli um sechs. Beide Vergehen passierte im Turn 16 im Qualifying 1. KTM-Werkspilot Bradley Smith wurde dadurch auf einer schnellen Runde behindert. Denn Viñales qualifizierte sich ursprünglich als Elfter, Morbidelli als 13. Die Startaufstellung lautet ab Position 11 somit Nakagami, Zarco, A.Espargaro, Vinales, Smith, Abraham, Rossi, Syahrin, Marbidelli, Lüthi, Redding, Simeon und Torres.