Im Qualifying2 des Brünn-GP machten die bisher schnellsten zwölf Piloten des Wochenendes die ersten vier Startreihen unter sich aus. Es wurde zu einer Demonstration von Cal Crutchlow, der Brite aus dem privaten Tech3-Yamaha-Team erzielte mit 1:55,527 min die klare Bestzeit und stellte damit ausserdem einen neuen Pole-Rekord für den Masaryk-Ring auf. Den alten Rekord hatte Jorge Lorenzo mit 1:55,799 min gehalten. Crutchlow steht damit zum zweiten Mal nach dem Assen-GP auf der ersten Startposition. Der nächstjährige Ducati-Fahrer löste bei seinem schnellsten Versuch Alvaro Bautista ab, der zu diesem Zeitpunkt die Zeitenliste anführte. Die Runde von Crutchlow war umso beeindruckender, da Bautista (Gresini-Honda) seine beste Zeit hinter Marc Márquez gefahren war. Bautista und WM-Leader Márquez starten damit am Sonntag mit Crutchlow aus der ersten Startreihe. Eine Enttäuschung setzte es für die beiden Titelfavoriten Dani Pedrosa und Jorge Lorenzo ab, die sich mit den Rängen 4 und 5 zufriedengeben mussten. Crutchlows Tech3-Teamkollege Bradley Smith überraschte mit Platz 6. Stefan Bradl hielt sich im ersten Versuch im Windschatten von Valentino Rossi auf und konnte sich so vor den Italiener setzen. Aber Rossi schlug ihn seiner letzten Runde nochmals zurück und verdrängte den LCR-Honda-Fahrer auf Rang 8. Für die Ducati-Piloten Andrea Dovizioso, Nicky Hayden und Andrea Iannone gab es nicht mehr als die Positionen 9 bis 11 zu holen.