Die Top-14 der kombinierten Zeitenliste steigen nach dem FP3 direkt in das Q2 auf, der Rest des Feldes muss in das Q1 – in Jerez traf dies unter anderem WM-Leader Jaume Masia (KTM) und Kaito Toba (Honda), der den Saisonauftakt in Doha gewonnen hatte. Tatsuki Suzuki (Honda), und die KTM-Piloten Masia und Andrea Migno sicherten sich auf der letzten fliegenden Runde des 15-minütigen Q1 ihre Tickets für die entscheidende Qualifying-Session. Dazu kam Celestino Vietti (KTM) als Vierter – während Toba nach einem Sturz nur auf Startplatz 24 steht – und damit direkt vor Darryn Binder (KTM) und Can Öncü (KTM). Honda-Pilot Niccolò Antonelli aus der SIC58 Squadra Corse, der auch den Freitag mit Tagesbestzeit beendet hatte, setzte sich im Q2 nach fünf Minuten in 1:46,232 min an die Spitze, gefolgt von seinem Teamkollegen Suzuki und Vietti. Letzterer war im nächsten Versuch um 0,037 sec schneller als Antonelli und übernahm Platz 1, sein Teamkollege aus dem Sky Racing Team VR46, Dennis Foggia, schob sich auf Rang 3. Die Entscheidung fiel aber erst in den letzten drei Minuten, als alle Fahrer auf Zeitenjagd gingen. Die Hoffnungen von Aron Canet aus dem Max Racing Team, der die WM-Wertung punktgleich mit Masia anführt, zerschlugen sich aufgrund technischer Probleme allerdings schnell. Auch Jakub Kornfeil (PrüstelGP) musste seinen letzten Versuch abbrechen. In der Schlussphase stürmte Honda-Pilot Lorenzo Dalla Porta (Leopard Racing) mit einer Bestzeit von 1:46,011 min auf die Pole-Position, Suzuki übernahm Platz 2 und Vietti hielt sich als Dritter in der ersten Reihe. Canet steht am Sonntag auf Startplatz 7, Masia wird als 15. nur aus der fünften Reihe losfahren. Moto3, Jerez, Q2: 1. Dalla Porta. 2. Suzuki. 3. Vietti. 4. Antonelli. 5. Foggia. 6. Rodrigo. 7. Canet. 8. Ramirez. 9. Arenas. 10. Fenati. 11. Sasaki. 12. Kornfeil. 13. Migno. 14. McPhee. 15. Masia. 16. Nepa. 17. Fernandez. 18. Yurchenko. Moto3, Jerez, Q1: 1. Suzuki. 2. Masia. 3. Migno. 4. Vietti. 5. Arbolino. 6. Ogura. 7. Lopez. 8. Masaki. 9. Garcia. 10. Toba. 11. Binder. 12. Öncü. 13. Rossi. 14. Salac. 15. Perez. 16. Booth-Amos. 17. Kawakami.