Mit dem Zusatz "Factory" versieht Aprilia jeweils Sondermodelle, welche mit ihrer Ausstattung die anspruchsvollsten Fahrer zufrieden stellen sollen. Im Falle der Aprilia Tuono 660 Factory heisst das: USD-Gabel von Kayaba (KYB) mit 41er Standrohren und Sachs-Zentralfederbein, beide einstellbar in Federvorspannung, Zug- und Druckstufendämpfung. Dazu senkt eine Lithium-Ionen-Batterie das Gewicht um 2 kg auf nunmehr 181 kg fahrfertig. Die Motorleistung der Tuono Factory entspricht jener der Aprilia RS660: 100 PS bei 10.500/min. In der Standard-Tuono ist die Leistung des Reihen-Zweizylinders auf 95 PS bei 10.500/min reduziert. Dazu ist das Motorritzel an der Tuono Factory einen Zahn kleiner gewählt, was eine kürzere Übersetzung und damit bessere Beschleunigung am Kurvenausgang bewirkt. Dazu erhält die Tuono 660 Factory das volle Elektronik-Paket, basierend auf einem Sechsachsen-Gyrosensor. Das ermöglicht Schräglagen-abhängige Eingriffe der Traktionskontrolle, Wheelie-Kontrolle, Tempomat, Quickshifter, Motorbremskontrolle und natürlich ein Kurven-ABS. Traktionskontrolle und Kurven-ABS sind mehrstufig einstellbar und berücksichtigen seitliche Beschleunigung, Gasgriffstellung, Bremsdruck, Schräglage, Fahrzeugneigung und Gierwinkel, um gesteuert von ausgeklügelten Algorithmen abwägend zwischen Beschleunigung/Verzögerung und Fahrstabilität einzugreifen. Die Vielzahl an möglichen Einstellungen ist gebündelt in fünf Fahrmodi, drei für die Landstrasse, zwei für die Rundstrecke. Die doppelte Verkleidung soll die Stabilität bei hoher Geschwindigkeit verbessern, das Kurvenlicht Nachtfahrten vergnüglicher machen. Die 660er Tuono Factory wird als Einsitzer ausgeliefert, Beifahrersitz und Sozius-Fussrasten sind im Lieferumfang enthalten.