Das Qualifying der MotoGP entwickelte sich zu seinem Zweikampf um die Pole-Position zwischen Jorge Lorenzo und Dani Pedrosa. Jeder der beiden Lokalmatadoren wollten vor ihrem Heimpublikum mit der Startplatz 1 glänzen. Mit nur 51/1000 sec. fiel die Entscheidung denkbar knapp zu Gunsten des Mallorquiners aus. "Ich bin absolut happy über diese Pole-Position. Es lief in jedem Session sehr gut für uns. Der Wind war aber sehr schwierig", jubelte der glückliche Lorenzo. Mit Startplatz 2 verlor Dani Pedrosa zwar den Kampf gegen seinen Intimfeind, dass er aber überhaupt so schnelle Zeiten vorlegen konnte, war für viele Beobachter immer noch überraschend. Noch ist der Honda-Werksfahrer nicht zu 100% fit. "Mir geht’s aber Tag für Tag besser", wollte Pedrosa dies nicht als Ausrede verwenden. Den dritten Platz in der ersten Reihe sicherte sich Casey Stoner. "Die Ducati hat die grösste Verkleidung, weshalb sie am windanfälligsten ist. Aber wir haben ein gutes Set-up und eine gute Traktion mit den harten Reifen", erklärte der Australier. Valentino Rossi musste in dem spannenden Qualifying mit dem vierten Platz vorlieb nehmen. Der Italiener war mehrfach selbst auf Bestzeitkurs, verlor aber insbesondere in den letzten beiden Sektoren immer wieder jene Zehntelsekunden, die ihn an der ersten Reihe haben scheitern lassen. Knapp hinter Rossi belegt "Playboy" Randy De Puniet (F/Honda) überraschend den fünften Rang. Auch aus der zweiten Reihe startet Haudegen Loris Capirossi (I/Platz 6) mit der Rizla-Suzuki. Sete Gibernau erreichte bei seinem Heimrennen mit Position 12 seine bisher beste Startplatzierung 2009. Zuvor ging der Routinier von den Plätzen 15 in Katar und 14 in Motegi ins Rennen. Nicky Hayden (USA/Marlboro-Ducati) sowie die beiden Pramac-Piloten Kallio (FIN) und Canepa (I) belegen nur auf die Plätze 16 bis 18.