Mit einer Sensationsrunde hatte sich LCR-Honda-Ass Johann Zarco in die entscheidende zweite Qualifying-Sitzung torpediert. KTM-Werksfahrer Brad Binder war die zweitbeste Zeit im Q1 gelungen. Damit machten sich fünf Ducati, zwei Yamaha, zwei KTM, eine Aprilia und eine Honda auf die Jagd nach der Bestzeit. Weltmeister Pecco Bagnaia wurde zunächst seiner Favoritenrolle gerecht und sorgte mit der ersten Bestzeit für Freude bei der Werksmannschaft. Nur Sekunden später war es dann aber Jorge Martin, der für noch größeres Erstaunen sorgte. Die #89 hämmerte die ersten 1:56er-Runden in die Strecke. Der alte Rekord von Bagnaia war damit um fast eine Sekunde unterboten. Enea Bastianini gelang zunächst Platz 3 vor Marc Marquez, der sich in der ersten Sequenz effizient hinter Pecco Bagnaia eingereiht hatte. Hinter Franco Morbidelli war Fabio Quartararo für Platz 6 eine 1:57,7 min gelungen. Der Franzose war damit dennoch 1,2 Sekunden hinter dem überragenden WM-Spitzenreiter aus Madrid. Niemand glaubte an eine Verbesserung der Bestzeit. Außer Francesco Bagnaia. Der #1 gelang drei Minuten vor Ende des Q2 die Traumrunde des Events. Mit einer unfassbaren 1:56,337 holte sich der Weltmeister den ersten Startplatz. Jorge Martin unternahm alles, um sich die Pole zurückzuholen – war aber nicht in der Lage nochmals nachzulegen. Die beiden WM-Führenden dominierten das Feld: Startplatz 3 ging mit fast einer Sekunde Rückstand an eine Ducati GP23. Alex Marquez bestätigte seine gute Form und bekam als Dank den letzten Platz in Reihe 1. Franco Morbidelli (4.) und Marc Marquez (5.) werden die Startreihe 2 bestücken. "La Bestia" war ebenfalls gut unterwegs, doch der zweite offizielle Ducati-Pilot übertrieb es – Crash in der letzten Kurve für Bastianini und Startplatz 6. Jack Miller auf der KTM RC16 gelang die siebte Zeit vor den beiden Yamaha-Protagonisten Quartararo und Rins. Brad Binder als Zehnter wird die vierte Startreihe anführen. Die Überraschung des Q1, Johann Zarco, der nochmals eine 1:57er-Runde schaffte, kam damit nicht über die elfte Position hinaus. Maverick Vinales musste sich im Q2 hinten anstellen. Ergebnisse MotoGP Sepang, Qualifying 2 (1. November): 1.Francesco Bagnaia (I) Ducati, 1:56,336 min 2.Jorge Martín (E) Ducati, +0,216 sec 3.Alex Marquez (E) Gresini Ducati, +0,938 4.Franco Morbidelli (I), Ducati +0,942 5.Marc Marquez (E) Ducati, +0,964 6.Enea Bastianini (I) Ducati +1,029 7.Jack Miller (AUS) KTM, +1,221 8.Fabio Quartararo (F) Yamaha, +1,255 9.Alex Rins (E) Yamaha, +1,389 10.Brad Binder (ZA) KTM, +1,545 11.Johann Zarco (F) Honda, +1,634 12.Maverick Vinales (E) Aprilia, +1,709 Die weiteren Startplätze: 13. Pedro Acosta (E), KTM 14. Marco Bezzecchi (I), Ducati 15. Raul Fernandez (E), Aprilia 16. Aleix Espargaro (E), Aprilia 17. Andrea Iannone (I), Ducati 18. Takaaki Nakagami (J), Honda 19. Luca Marini (I), Honda 20. Joan Mir (E), Honda 21. Augusto Fernandez (E), KTM 22. Lorenzo Savadori (I), Aprilia