Alvaro Bautista und Aleix Espargaró hatten sich im Qualifying 1 durchgesetzt und kämpften im Q2 um die besten die Startplätze. Nach dem Regen, der Q1 nach Abbruch um 75 Minuten nach hinten verschoben hatte, war der Sepang International Circuit bis zum zweiten und entscheidenden Teil des Qualifyings soweit abgetrocknet, dass die Session ohne Probleme durchgeführt werden konnte. Von einer trockenen Strecke konnte man jedoch noch lange nicht reden, da es stellenweise noch immer recht nass war. Marc Márquez war der erste Fahrer, der mit einer 2:13,641 eine schnelle Runde komplettierte und eine Zeit vorgab, an der sich die Konkurrenz erst mal die Zähne ausbiss. Ducati-Pilot Jack Miller war Zweiter, mit einem knappen Rückstand von nur 0,027 sec, Andrea Iannone war weitere 0,051 sec langsamer. Acht Minuten vor Schluss stürzte Aleix Espargaró und fiel auf den letzten Platz zurück, während Márquez mit einer schnellen Runde von 2:12, 161 min seine eigene Bestzeit unterbot. Zweiter war nun Ducati-Pilot Petrucci, vor Miller, Rins, Dovizioso, Iannone und Valentino Rossi. Fünf Minuten vor Schluss startete Márquez einen weiteren Versuch, die Bestzeit zu verbessern, übertrieb es aber und rutschte in Kurve 6 von der Strecke. Der Spanier fuhr daraufhin an die Box, um auf sein Ersatzbike umzusteigen und wieder anzugreifen. Derweil war Jack Miller auf dem besten Weg zur schnellsten Zeit, nach einem kleinen Fehler blieb er aber auf Platz 3. In der letzten Minute gab es die allerletzten Angriffe auf die Pole-Position und die Startplätze in der ersten Reihe und der erste, der Platz 2 übernahm, war Suzuki-Pilot Andrea Iannone. Da blieb er aber nicht lange, denn Johann Zarco war um 0,044 sec schneller und stellte seine Yamaha auf Platz 2. Andrea Doviziosos Angriff endete in einem Sturz, aber Valentino Rossi fuhr nun die zweitschnellste Zeit. In in letzter Sekunde griff aber Zarco noch einmal an und verdrängte Rossi auf Rang 3. Vierter wurde Iannone vor Dovizioso, Miller, Petrucci, Rins, Bautista, Pedrosa, Viñales und Aleix Espargaró. Marc Márquez bekam von den Rennkommissaren nach demQualifying eine Startplatzstrafe auferlegt und wird nun nicht von der Pole-Position, sondern als Siebter ins Rennen gehen. Ergebnis Qualifying Sepang: 1. Zarco, + 0,548 2. Rossi, +0,848 3. Iannone, +0,963 4. Dovizioso, + 1,022 5. Miller, + 1,113 6. Petrucci, + 1,252 7. Márquez, 2:12,161 8. Rins, +1,302 9. Bautista, +2,024 10. Pedrosa, + 2,282 11. Viñales , + 2,695 12. Aleix Espargaró, + 3,179 13. Redding 14. Pirro 15. Simeon 16. Pol Espargaró, KTM 17. Smith, KTM 18. Lüthi 19. Morbidelli 20. Bradl 21. Abaraham 22. Nakagami 23. Syahrin 24. Torres