Seit 2019 findet die Superpole als traditionelles Qualifying statt, in dem alle Fahrer 25 Minuten lang Zeit haben, um eine bestmögliche Zeit zu fahren. Für die Superbike-WM 2021 wurde die Dauer der Superpole von 25 auf 15 Minuten gekürzt. In den freien Trainings können sich die Piloten allein um die Rennabstimmung kümmern, die erreichte Position hat keine Auswirkung auf das weitere Rennwochenende. Ab diesem Rennwochenende hat jeder Fahrer in der Superpole zwei statt nur einen Qualifyer-Reifen von Alleinausrüster Pirelli zur Verfügung. Um sich warm zu fahren, verwendeten einige Piloten dennoch zuerst einen normalen Rennreifen oder auch den Pirelli SCX, der speziell für das Superpole-Race über zehn Runden entwickelt wurde. Im dritten Training am Samstagvormittag wurden die schnellsten Zeiten gefahren. Wie schon am Freitag umrundete Ducati-Ass Michael Rinaldi den Misano World Circuit in 1:34,018 min am schnellsten. Das ist nur 0,4 sec langsamer als der aktuelle Pole-Rekord von Tom Sykes in 1:33,640 min, aufgestellt mit Kawasaki in der Saison 2018. Die Zeiten sind allerdings nur bedingt vergleichbar, weil im vergangenen Jahr eine neue und sehr griffige Asphaltdecke aufgebracht wurde. Nach seinem heftigen Crash im FP3 fehlte BMW-Pilot Eugene Laverty in der Superpole. Die Rennleitung ahndet das Überfahren der markierten Rennstrecke in diesem Jahr mit einer konsequenten Streichung der Rundenzeit, dasselbe gilt bei gelber Flagge. Bereits auf seinem ersten Run kratzte Jonathan Rea (Kawasaki) in 1:33,778 min am Pole-Rekord. Der Nordire war in den ersten sieben Minuten der einzige, der eine Zeit unter 1:34 min fahren konnte. Auf den weiteren Postionen Toprak Razgatlioglu (Yamaha), Lucas Mahias (Kawasaki), Scott Redding (Ducati) und Tom Sykes (BMW). Jonas Folger (BMW) auf Platz 13. Mit einem Sturz beendete Garrett Gerloff die Superpole frühzeitig. Ohne Zeit muss der US-Amerikaner im GRT Yamaha-Team aus der letzten Reihe in den ersten Lauf am Nachmittag und das Superpole-Race am Sonntag starten. Fünf Minuten vor dem Ende verlangten die Piloten nach einem klebrigen Qualifyer, der auf eine Runde je nach Strecke bis zu eine Sekunde bringt. Den Anfang machte erneut Rekordweltmeister Jonathan Rea, der in 1:33,416 min einen neuen Pole-Rekord aufstellte. Im Windschatten des Kawasaki-Star fuhr Puccetti-Pilot Lucas Mahias eine beeindruckende 1:33,924 min. Zwei Minuten vor dem Ende lagen mit Rea, Lowes und Mahias drei Kawasaki-Piloten vorne. Während die Zeit von Rea allen Angriffen stand hielt, preschte Toprak Razgatlioglu (Yamaha) auf Platz 2 und Scott Redding (Ducati) auf die dritte Position in die erste Reihe. Rinaldi (4.) und BMW-Star Tom Sykes (5.) verdrängten Lowes auf Startplatz 6 und Mahias auf die siebte Position. Eine starke Performance in der Superpole zeigte Superbike-Rookie Axel Bassani (Motocorsa Ducati) als Achter, noch vor dem besten Honda-Piloten Álvaro Bautista auf Position 9. Die Probleme von Jonas Folger setzen sich in Misano fort. Der Bayer im deutschen BMW-Team Bonovo MGM büßte 1,5 sec auf die Bestzeit ein und qualifizierte sich nur auf Startplatz 15.