Nach der 553 km langen Etappe von Pisco nach San Juan de Marcona lagen die Sieger von 2009 28 Sekunden vor ihrem niederländischen Teamkollegen Bernhard ten Brinke und 42 Sekunden vor dem Spanier "Nani" Roma im Mini 4x4. Die zweite der zehn Prüfungen, die fast überwiegend in den Dünen ausgetragen wurde, wirbelte etwas das Feld durcheinander. Es gab Aufsteiger und Absteiger. Der Aufsteiger war zweifelsohne der neunfache Rekord-Rallyechampion Sébastien Loeb. Nach einem weniger erfreulichen Auftakt am Montag im privat eingesetzten und von PH-Sport betreuten Peugeot 3008DKR von 2017 setzte sich Loeb stark in Szene. Der Dakar-Zweite von 2017 robbte sich im peruanischen Sand unaufhaltsam nach vorne. Am vierten Wegpunkt setzte er sich an die Spitze der Tageswertung vor De Villiers und Roma. Der Spanier Roma, Sieger im Mini 2014, zog aber in der Tagestabelle noch an De Villiers/Von Zitzewitz vorbei. Loeb kassierte seinen ersten Tagessieg als Privatier und machte in der Gesamtwertung einen Sprung vom 13. auf den fünften Rang. Tageszweiter, nur 8 Sekunden hinter Loeb wurde Roma, der im Gesamtklassement auf den dritten Platz vorrückte. Zu den Aufsteigern gehören auch De Villiers/Von Zitzewitz, die sich vom fünften Platz am Vortag nun an die Spitze setzten. Ihr Teamkollege Ten Brinke sorgte im zweiten Hilux für die Doppelführung von Toyota. Acht Sekunden hinter Roma erreichten Timo Gottschalk und sein arabischer Fahrer Yazeed al Rajhi im Mini 4x4 den vierten Platz vor Loeb. Die Absteiger waren die Sieger vom Montag. Der Vorjahressieger Carlos Sainz fiel im Mini Buggy des hessischen X-raid-Teams vom zweiten auf den sechsten Rang (+ 2:28) zurück. Der Auftaktsieger Nasser Al-Attiyah musste im Toyota Hilux in seinem gewohnten sandigen Geläuf einen Abstieg von der Spitze auf den achten Rang (+3:26) einstecken. Der 13-fache Rekordsieger Stéphane Peterhansel darf sich zu den Pechvögeln des Tages zählen. Nach 109 Kilometern musste er mit seinem Mini-Buggy für etwa 20 Minuten anhalten. Er fiel vom siebten auf den 18. Gesamtrang (+ 15:09) zurück. Sein argentinischer Teampartner Orlando Terranova musste seine 13. Rallye Dakar vorzeitig beenden. Mit starken Rückenschmerzen wurde er ins Krankenhaus gebracht. Rallye Dakar – Stand nach der 2. von 10 Prüfungen: Platz Team/Auto Zeit/Diff. 1. De Villiers/Von Zitzewitz (ZA/D), Toyota 4:32:45 2. Ten Brinke/Pansieri (NL/F), Toyota + 28 3. Roma/Haro Bravo (E), Mini 4x4 + 42 4. Al Rajhi/Gottschalk (KSA/D), Mini 4x4 + 50 5. Loeb/Elena (F/MC), Peugeot + 1:56 6. Sainz/Cruz (E), Mini Buggy + 2:28 7. Hunt/Rosegaar (GB/NL), Peugeot + 2:38 8. Al-Attiyah/Baumel (QAT/F), Toyota + 3:26 9. Despres/Cottret (F), Mini + 3:28 10. Vasilyev/Zhiltsov (RUS). Toyota +3:43. Rallye Dakar – Stand auf der 2. Prüfung: Platz Team/Auto Zeit/Diff. 1. Loeb/Elena (F/MC), Peugeot 3:26:53 2. Roma/Haro Bravo (E), Mini 4x4 + 8 3. Ten Brinke/Pansieri (NL/F), Toyota + 1:20 4. De Villiers/Von Zitzewitz (ZA/D), Toyota + 1:31 5. Al Rajhi/Gottschalk (KSA/D), Mini 4x4 + 2:33 6. Despres/Cottret (F), Mini + 3:14 7. Hunt/Rosegaar (GB/NL), Peugeot + 3:24 8. Sainz/Cruz (E), Mini Buggy + 4:40 9. Fuchs/Mussano (PE), Proto + 5:01 10. Vasilyev/Zhiltsov (RUS). Toyota + 5:36