Yamaha hat die Überarbeitung, um die R3 und R125 nach Euro5+ zu homologioeren, für weitere Updates der R3 genutzt. Die R3 übernimmt mit dem kleinen, mittig platzierten LED-Scheinwerfern und Tagfahrleuchten den Look der R7 und der neuen R9. Yamaha nutzte die Überarbeitung des Designs, um die Verkleidung wie auch das Heckteil der R3 schlanker zu gestalten und der Verkleidung angedeutete Winglets und einen Luftkanal zur Verbesserung der Kühlung zu verpassen. Die Leistungsdaten Zweizylindermotors mit 321ccm bleiben trotz Euro5+ unverändert: 42 PS bei 10.750/min und 29,5 Nm bei 9000/min. Neu ist eine Slipperkupplung verbaut, welche Hinterradstempeln beim Runterschalten unterbindet wie auch die Handkraft reduziert. Neu ist auch das Kombi-Anzeigedisplay in LCD-Technik und eine USB-Buchse im Cockpit. Der kleinste Supersportler von Yamaha, die R125, geht, abgesehen von der Neuhomologation nach Euro5+, technisch unverändert ins Jahr 2025. Wie die R3 ist auch die R125 in Blau und Schwarz erhältlich, zu Preisen von 6099 € und 7199 €. Damit sind beide Modelle bescheidene 50 € teurer als die 2024er Modelle.