Die Bedingungen im morgendlichen zweiten Qualifying machten Zeitenverbesserungen mühselig. Bis kurz vor Schluss konnte lediglich Carlos Checa (E/Ducati) und Jonathan Rea (GB/Honda) wenige Plätze gut machen. Und wer eine wirklich schnelle Runde probierte, wurde mitunter hart bestraft: Auf dem Weg zu einer neuen Bestzeit crashte Marco Melandri bereits im zweiten Qualifying bereits nach 6 Minuten und zerstörte dabei sein Motorrad. Wegen der Ein-Motorradregel war der BMW-Pilot die restliche Session zum Zuschauen verdammt. Erst in den letzten Trainingsminuten wurde wirklich um die Plätze gekämpft. Von den Top-4 konnte jedoch nur Top-Qualifyer Tom Sykes (GB) eine schnellere Rundenzeit als am Freitag vorweisen. Der Kawasaki-Pilot verwies Davide Giuagliano (I/Ducati) in 1.59,443 min um wenige 1/1000 sec auf Platz 2. Dahinter folgt als Dritter der früh gestürzte Marco Melandri (I/BMW) und Eugene Laverty (IRL/Aprila). Die provisorische zweite Startreihe beginnt mit Weltmeister Carlos Checa (E/Ducati), Michel Fabrizio (I/BMW) und Jakub Smrz (CZ/Ducati) vom kriselnden Effenbert-Team. Mit 1,2 sec Rückstand handelte sich Max Biaggi am Freitag einen überraschend grossen Rückstand ein, dennoch war der Brünn-Spezialist alles andere als nervös. Im Verlauf des zweiten Trainings rutschte Biaggi sogar auf Position 15 ab und drohte die Superpole zu verpassen. Doch sechs Minuten vor Ablauf der Zeit tauchte die Aprilia mit der Startnummer 3 plötzlich auf Position 6 auf. Am Ende qualifizierte sich der 41-Jährige auf der 8. Position. Ein ordentliches Ergebnis fuhr endlich einmal Pedercini-Pilot David Salom ein (E/9.) und auch sein Kawasaki-Markenkollege Loris Baz (F) kann als Zehnter zufrieden sein. Beide Crescent-Piloten schafften in Brünn den Sprung unter die besten 16: Leon Camier (GB) als 12. deutlich, John Hopkins (USA) als 16. nur knapp. Zwischen den beiden Suzuki-Piloten qualifizierten sich die Briten Chaz Davies (Aprilia), Joanthan Rea (Honda) und - etwas enttäuschend - Leon Haslam (BMW). Nicht in der Superpole-Session am Nachmittag dabei sind Lorenzo Zanetti (I/Ducati), Hiroshi Aoyama (J/Honda), Maxime Berger (F/Ducati), Canepa-Ersatz Alessandro Polita (I/Ducati), Leandro Mercado (ARG/Kawasaki), Norino Brignola (I/BMW) sowie Gaststarter Viktor Kispataki (H/Honda), der im zweiten Qualifying allerdings nicht mehr teilnahm.