Das Format für die Ermittlung der Startaufstellung hat sich für 2016 geändert. Statt freiem Training am Freitag und dem Qualifying am Samstag, gibt es nun zwei Freitag-Qualifyings und die Superpole am Samstag. Aus den Qualifyings kommen die Top-10 direkt in Superpole 2, in der die Startplätze 1 bis 12 für das Rennen Sonntag ausgefahren werden. Alle Fahrer außerhalb der Top-10 müssen den Umweg über Superpole 1 nehmen, die zwei Schnellsten von dort qualifizieren sich zusätzlich für Superpole 2. Die Fahrer haben in beiden Superpoles jeweils 15 Minuten lang Zeit, eine schnelle Runde zu fahren. Gesetzt für Superpole 1 waren Kenan Sofuoglu (Kawasaki Puccetti), Jules Cluzel (MV Agusta), Randy Krummenacher (Kawasaki Puccetti), Lorenzo Zanetti (MV Agusta), Kyle Ryde (Ranieri Med Yamaha), Patrick Jacobsen (Honda), Alex Baldolini (Race Department ATK#25 MV Agusta), Kevin Wahr (Gemar Balloons Lorini Honda), Kyle Smith (CIA Landlords Insurance Honda) und Nico Terol (Schmidt MV Agusta). In Superpole 1 holten Christian Gamarino (GoEleven Kawasaki) und Federico Caricasulo (Bardahl Evan Bros. Honda) die letzten beiden Plätze für Superpole 2. Für die erste Bestzeit in Superpole 2 sorgte in 1:33,813 min Weltmeister Kenan Sofuoglu, er wurde kurz darauf von seinem Kawasaki-Teamkollegen Randy Krummenacher um 0,149 sec unterboten. 8 min vor Schluss stürzte MV-Agusta-Werksfahrer Jules Cluzel auf Platz 7 liegend, er konnte seine F3 aber aufklauben und an die Box zurückbringen. Letztlich Startplatz 8. Die finalen Angriffe erfolgten die letzten vier Minuten. Sofuoglu verbesserte die Spitzenzeit auf 1:33,354 min, in der Runde darauf steigerte er sich auf 1:33,142. Krummenacher versuchte sich an Sofuoglu anzuhängen, doch der Türke durchschaute die List, der Schweizer blieb mit 0,522 sec Rückstand auf Platz 3. Platz 2 schnappte ihm in letzter Sekunde Vizeweltmeister Patrick Jacobsen weg. Sofuoglu unterbot mit seiner Bestzeit den drei Jahre alten Rekord von Sam Lowes um 0,403 Sekunden! Reihe 2: Caricasulo, Zanetti, Baldolini. Reihe 3: Gamarino, Cluzel, Ryde. Kevin Wahr war im freien Training am Samstagmorgen gestürzt, sein Motorrad wurde für die Superpole nicht rechtzeitig fertig: nur Startplatz 12.