Wie es der Name vermuten lässt, wird die 48h-Chrono-Etappe über zwei Tage ausgetragen. Um 17 Uhr Ortszeit müssen die Teilnehmer das nächstgelegene Biwak ansteuern und dort nächtigen. Es gelten ähnliche Regeln wie bei einer Marathon-Etappe: Geschlafen wird im Zelt, bei der Wartung der Motorräder dürfen sich die Teilnehmer gegenseitig unterstützen. Die RallyGP-Piloten starteten in den ersten Teil in umgekehrter Reihenfolge des Ergebnisses von Etappe 1. Die Route eröffnen musste daher erneut der bedauernswerte Mohammed Balooshi (Fantic), der aber schnell von später gestarteten Piloten überholt wurde und nicht in den Genuss der Bonusregel kam. Zumindest zeitweise eröffneten Antonio Maio (Yamaha), Daniel Nosiglia Jager (Rieju), Mason Klein (Kove) und Adrian van Beveren (Honda) die Route. Von den späteren Startplätzen profitierten dagegen die Top-5 von Samstag, die die Spuren von 20 Piloten im Sand vorfanden und mit einer enormen Pace durchs Feld pflügten. Insbesondere Etappensieger Daniel Sanders (Red Bull KTM) gab beherzt Gas und markierte ab dem Wegpunkt bei km 95 die schnellsten Zeiten. Mit einem Respektabstand von unter einer Minute folgten Ross Branch (Hero), Ricky Brabec (Honda) und Skyler Howes (Honda), die in Sichtweite fuhren. Als die Fahrer nach 200 km auf die ersten Dünen trafen, vergrößerten sich die Abstände – dieser Abschnitt im tiefen Sand erstreckte sich über gut 210 km! Nun übernahmen die Top-Piloten die Navigation und führten nicht nur zeitlich das Feld an, sondern auch tatsächlich. Nach 320 km hatte Sanders die vor ihm gestarteten Ricky Brabec (Honda), Ross Branch (Hero) und weitere Fahrer eingeholt und als Pulk fuhr man gemeinsam durch die Dünen. Während die RallyGP-Piloten bereits das zweite Biwak bei km 520 hinter sich ließen, hatten nur 51 Teilnehmer den Wegpunkt bei km 413 passiert – darunter Tobias Ebster und Mike Wiedemann. Justin Gerlach hatte über zwei Stunden Rückstand und war gerade bei km 320 angekommen. Mit Ablauf der erlaubten Zeit kam die Spitze als Pulk im vorletzten Biwak an. Die Abstände hatten sich geringfügig geändert. Die schnellste Zeit blieb mit 7:41 Stunden bei Sanders, der zudem fast drei Minuten Bonuszeit erhalten wird, gefolgt von Ricky Brabec (Honda) und Ross Branch (Hero). Die Honda-Piloten Adrian van Beveren und Tosha Schareina haben sich sogar 6:50 min und 4:56 min Zeitgutschrift erarbeitet. Klar ist: über den Etappensieg wird erst am Montag entschieden! Der Österreicher Tobias Ebster wird sein Zelt im Kreis der Stars ebenfalls im fünften von sechs Biwaks aufschlagen. Die Deutschen Mike Wiedemann und Justin Gerlach sitzen im Moment noch auf ihren Motorrädern.