Zuerst letzte [*Person Alex Debon*] mit einer Rundenzeit von 1:45,786 min vor. Doch die Marke des 33-jährigen Spanier hielt nicht lange, WM-Leader [*Person Hiroshi Aoyama*] fuhr auf seiner Honda eine Zeit von 1:45,503 min. Dahinter reihte sich Mike Di Meglio vor Debon ein. Die vierte Position belegte nach den ersten zehn Minuten Marco Simoncelli. Der Weltmeister aus Italien riskierte auf seiner Zeitenjagd allerdings zu viel und stürzte, wie schon im morgendlichen Training. Dabei blieb es nicht, der Pole-Setter vom Vorjahr (1:45,168 min) wiederholte seinen Sturz vom Vormittag: Er rutschte an der gleichen Stelle über sein Vorderrad ins Aus. Auch Alex Debon legte sich auf den Asphalt, nachdem das Vorderrad seiner Derbi eingeklappt war. Der Spanier humpelte in die Box, um sein linkes Knie, das er lange unter der Maschine eingeklemmt hatte, genauer zu inspizieren. Der Nächste Bruchpilot war Aoyamas Teamkollege Raffaele de Rosa. Knapp zehn Minuten vor dem Ende des Qualifyings rutschte der Scot-Racing-Honda-Fahrer aus Italien von der Strecke. Eine knappe Viertelstunde nach dem Startschuss setzte sich di Meglio an die Spitze. Der 21-jährige Franzose umrundete den Indianapolis-Kurs in 1:45,368 min. Doch schliesslich wurde der Mapfre-Aspar-Aprilia-Pilot von Hector Barbera übertroffen. Der 22-jährige Pepe-World-Aprilia-Fahrer aus Spanien setzte sich mit 1:44,647 min an die Spitze. Beim Versuch, diese Zeit einzustellen, stürzte di Meglio schliesslich an derselben Stelle, wie Simoncelli, Debon und kurz darauf auch Tom Lüthi, der zu diesem Zeitpunkt an 14. Stelle fuhr. Der 22-jährige Schweizer konnte jedoch weiterfahren. Pünktlich zur Halbzeit meldete Mapfre-Aspar-Aprilia-Pilot Alvaro Bautista mit 1:45,756 min einen Anspruch auf einen Startplatz in der ersten Reihe an, während Markenkollege Tom Lüthi die Strecke ausging. Doch am Ende behielt Mike di Meglio mit seiner Last-Minute-Rundenzeit von 1:44,341 min die Oberhand, vor Aoyama und Weltmeister Simoncelli. Bautista musste sich mit mit dem sechsten Platz hinter Jules Cluzel begnügen.