Stefan Bradl untermauerte in Indy auch Samstagfrüh, dass seine starke Juli-Form kein Zufallstreffer war. Nachdem er in Assen erstmals die erste Startreihe geschafft hatte, fuhr er auf dem Sachsenring am Freitag erstmals Bestzeit, am Sonntag führt er sechs Runden lang. Eine Woche später folgte in Laguna Seca Bradls bisherigen MotoGP-Highlight: Platz 2 am Freitag, erstmals Pole-Position am Samstag, dann Warm-up Bestzeit und 18 von 32 Runden in Führung sowie Rang 2 (erstmals auf dem Podest) im Rennen. Nach 15 Minuten des dritten freien Trainings in Indy hielt Stefan Bradl auf der LCR-Honda RC 213V die Bestzeit mit 1:39,396 min. Cal Crutchlow (0,045 sec zurück) und Marc Márquez (0,018 sec zurück) folgten mit geringen Abständen. Auf den Rängen 4 bis 6 lauerten Lorenzo, Rossi und Pedrosa. Zehn Minuten vor Schluss steigerte sich Stefan zuerst auf 1:39,371 min, danach auf 1:39,122 min. Damit verschaffte er sich einen Vorsprung von 0,316 sec auf Verfolger Crutchlow. Doch dann kam der erwartete Angriff von WM-Leader Marc Márquez: Er verdrängte Bradl mit einer neuen Bestzeit von 1:38,844 min auf Platz 2. Auf Platz 3 landete Crutchlow vor Bautista, Pedrosa, Lorenzo, Rossi, Smith, Dovizioso und Hayden. Da nur die ersten zehn nach drei freien Trainings direkt ins Qualifying 2 kommen und alle andern MotoGP-Fahrer im Qualifying 1 um die restlichen zwei Plätze für das Q1 streiten, mussten Ducati-Ass Hayden und Tech3-Yamaha-Pilot Smith auf den Rängen 9 und 10 bangen, dahinter auf den Rängen 11 bis 13 hofften Aleix Espargaró, Iannone und Spies noch auf einen Q2-Platz. Doch Spies rutschte in Turn 4 aus und klagte danach über Schmerzen an der linken Schulter. In Sepang 2012 hatte er sich die rechte Schulter lädiert. Hayden fiel vorübergehend aus den Top-Ten, erkämpfte aber im letzten Moment Platz 10 und schaffte so beim Heim-GP noch den Einzug ins Q2.