Die spannende Frage vor dem zweiten Superbike-Lauf in Magny-Cours war, ob Noriyuki Haga die WM-Führung von Ben Spies zurückerobern kann, oder ob der Amerikaner sie womöglich würde ausbauen können. Die Antwort auf diese Frage gab der Japaner bereits nach dem Start. Von Startplatz 5 katapultierte sich der Ducati-Pilot direkt an diese zweite Position. Die Führung hatte Max Biaggi übernommen, doch der Aprilia-Pilot musste bereits in der ersten Runde Haga Platz machen. Derweil wurde Ben Spies, der aus seiner Pole-Position im zweiten Lauf keinen Nutzen ziehen konnte, von Jonathan Rea auf die vierte Position verwiesen. Dahinter folgten Shane Byrne (GB/Ducati), Karl Muggerdige (AUS/Suzuki), Leon Haslam (GB/Honda), Yukio Kagayamaha (J/Suzuki), Michel Fabrizio (I/Ducati) und Fonsi Nieto (E/Ducati). Nach fünf Runden hatte sich das durcheinander etwas gelegt. Haga liegt zwar weiterhin in Führung, aber hinter ihm drückt Max Biaggi mächtig aufs Gas – auch weil er selbst unter Druck von Jonathan Rea gerät. Auf Platz 4 schaut sich Ben Spies das Treiben an der Spitze mit einem kleinen Sicherheitsabstand an. Leon Haslam hat sich derweil auf Platz 5 nach vorne gekämpft. Bereits drei Sekunden hinter den Top-5 folgen Shane Byrne und die beiden Alstare-Suzuki-Piloten Yukio Kagayama und Karl Muggeridge. Ab der sechsten Runde war Hagas schlimmster Albtraum sein erster Verfolger: Jonathan Rea, der ihn auf dem Nürburgring aus dem Rennen boxte. Immer wieder probierte es der Ten-Kate Links oder Rechts an der schnellen Ducati vorbei – aber Haga hatte immer eine passende Antwort parat und bot dem Briten keine Chance zum Überholmanöver. Bereits zur Rennmitte wurde offensichtlich, dass Ben Spies im zweiten Lauf nicht für den Sieg in Frage kommt. Zu sehr musste der Yamaha-Pilot dafür kämpfen, um den Anschluss zu behalten. Acht Runden vor Schluss war aber selbst eine Podiumsplatzierung ausser Reichweite. Dafür wurde es an der Spitze immer spannender: Rea und Biaggi tauschten die Positionen und holten auf den immer noch führenden Haga auf. Aber die beiden Verfolger waren sich uneins und verwickelten sich gegenseitig immer wieder in Zweikämpfe, wovon Haga wiederum profitierte. In der letzten Runde waren die Positionen bezogen: Haga fuhr nach einem fehlerfreien Rennen mit 1,5 sec. Vorsprung vor Max Biaggi als Sieger über de Zielstrich, für Jonathan Rea bliebt nur noch Platz 3. Ben Spies muss nach dem vierten Rang die WM-Führung wieder die WM-Führung an Haga abgeben, Hinter den Top-4 wurde Leon Haslam (GB/Honda) Best of the Rest. Den sechsten Rang sicherte sich Yukio Kagayama, der sich in einem hochkarätigen Duell gegen Shane Byrne und seinem Teamkollegen Karl Muggeridge durchsetzen konnte. Michel Fabrizio stürzte im ersten Renndrittel während er versuchte, sich nach seinem schlechten Start wieder nach vorne zu kämpfen. Der Ducati-Pilot konnte das Rennen aber fortsetzen und sah am Ende als 13. das Ziel.