Die Wettervorhersage behielt recht: Am Samstag ist das Wetter in Magny-Cours wechselhaft und während des morgendlichen dritten Trainings der Superbike-Kategorie tröpfelte es. Zu Beginn der Superpole-Session zogen dunkle Wolken über die Rennstrecke, immer wieder setzte Regen ein und bei 17 Grad Celsius war die Rennstrecke komplett nass. In den Trainings fuhr Michael van der Mark (BMW) in 1:36,010 min die schnellste Zeit. WM-Leader Toprak Razgatlioglu erhielt nach seinem fürchterlichen Sturz am Freitagnachmittag für das restliche Wochenende Startverbot. Auch Dominique Aegerter fehlt verletzungsbedingt; der Schweizer wird im Yamaha-Team Giansanti Racing von Alessandro Delbianco ersetzt. Bei Petronas Honda kommt Ivo Lopes statt Adam Norrodin zum Einsatz. Bei der Superpole der Superbike-Kategorie handelt es sich um ein traditionelles Qualifikations-Training, in dem alle Fahrer 15 Minuten lang Zeit haben, um eine bestmögliche Zeit zu fahren. Weil es am Freitag komplett trocken war, wurden die Karten neu gemischt. Die meisten Piloten fuhren die gesamte Session mit Regenreifen durch, um sich an die Bedingungen zu gewöhnen. Danilo Petrucci (Ducati) setzte in 1:54,811 min die erste Rundenzeit, die Abstände nach der ersten fliegenden Runde riesig. Der Italiener war auf seiner zweiten Runde auch das erste Sturzopfer. Van der Mark sorgte in 1:53,948 min für die erste Zeit unter 1:54 min. Bei Halbzeit ließ sich Nicolò Bulega (Ducati) eine beeindruckende 1:52,718 min notieren. Hinter dem Superbike-Rookie folgten Scott Redding (BMW), van der Mark und Alex Lowes (Kawasaki). Bei noch 4:30 min übernahm Alex Lowes in 1:51,946 min die Führung, während die Ducati-Piloten Bulega und Michael Rinaldi die Superpole mit einem Sturz vorzeitig beendeten. Derweil kehrte Petrucci nach einer Blitzreparatur drei Minuten vor dem Ende auf die Piste zurück. Die Zeit von Lowes hielt bis zum Schluss und der Engländer sicherte sich die Pole-Position. Trotz Sturz qualifizierte sich Bulega als Zweiter. Bester BMW-Pilot wurde Redding auf Startplatz 3. Die zweite Reihe besteht aus Garrett Gerloff (BMW), van der Mark und der überraschend starke Xavi Vierge (Honda). Bester Yamaha-Pilot wurde Jonathan Rea, allerdings nur auf der achten Position. Der zweifache Weltmeister Alvaro Bautista (Ducati) kam mit den Bedingungen überhaupt nicht klar. Der Spanier enttäuschte als 17. und damit direkt hinter Philipp Öttl (Yamaha) auf Platz 16. Weitere Ausrutscher fabrizierten im Verlauf der Session Tito Rabat (Kawasaki), Sam Lowes (Ducati) und Remy Gardner (Yamaha).