Um 12:35 Uhr Ortszeit stürmten die Moto3-Piloten auf den Twin Ring Motegi, um sich die besten Startplätze für das Rennen am Sonntag zu sichern. In der Anfangsphase setzte sich Miguel Oliveira aus dem Team Red Bull KTM Ajo an die Spitze. Dahinter folgten Romano Fenati, Hiroki Ono, Francesco Bagnaia und Enea Bastianini. Kurz darauf stürmte Rookie Hiroki Ono mit der Leopard-Honda an die Spitze, 25 Minuten vor Schluss wurde er von Niccolò Antonelli abgelöst. Doch es war Romano Fenati aus Valentino Rossis Sky-VR46-Team, der den bisherigen Pole-Rekord von Danny Kent brach. Mit 1:56,484 min lag er 17 Minuten vor Schluss auf Platz 1. WM-Leader Kent verbesserte sich auf Platz 5. Wenn er im Rennen 20 Punkte mehr holt als Enea Bastianini und weder Miguel Oliveira noch Romano Fenati gewinnen, wird der Brite in Motegi Moto3-Weltmeister. Während Philipp Öttl sich mit der KTM des Teams Schedl GP Racing auf Platz 13 schob, stand Fenati weiter an der Spitze. Niccolò Antonelli landete nach einem Sturz in Kurve 5 im Kies. Öttl kletterte einen weiteren Platz nach oben. Romano Fenati startet am Sonntag von der Pole-Position. Seine Zeit von 1:56,484 min blieb unangetastet. Hinter dem Italiener reihten sich Miguel Oliveira (KTM), Jorge Navarro (Honda), Niccolò Antonelli (Honda), Enea Bastianini (Honda) und WM-Leader Danny Kent (Honda). Philipp Öttl wird von Platz 13 ins Rennen gehen.