KTMs Vormachtstellung wurde auch in der dritten Etappe nicht gebrochen. 231 km Verbindungsstrecke, 521 km Wertungsprüfung, bis auf 3378 Meter Höhe – es war eine beschwerliche Etappe durch Wüste und Canyons bis hinunter ins Waldgebiet von Nordargentinien, nahe der Grenze Boliviens. Zahlreiche Fahrer haderten mit der schwierigen Navigation. Nicht so Coma, der diese Etappe als "richtigen Dakar-Tag", beschrieb. Despres liess sich von der Begeisterung der Zuschauer ablenken und leistete sich prompt einen Navigationsfehler. "Ich habe alles falsch gemacht", meinte der Spanier niedergeschlagen. "Ich habe nicht zwei Stunden, aber wertvolle Minuten verloren. Es wäre schön gewesen, wenn ich meinen Vorsprung in der Gesamtwertung behalten hätte. Jetzt sind es nur noch 14 Sekunden." BMW-Star Paulo Goncalves landete auf Rang 3. Anfangs lag der Portugiese auf der zweigeteilten, über 500 Kilometer langen Wertungsprüfung in Führung. Ihm lag die technisch anspruchsvolle Piste mit einem Mix aus Sand, Steinen und vielen Kurven. Im zweiten Teil der Wertungsprüfung, nach einer langen zeitneutralen Verbindungsstrecke, verlor Goncalves kurz die Kontrolle über sein Motorrad und stürzte. Das kostete ihn möglicherweise den Tagessieg. Er rettete sich allerdings noch aufs Podium. In der Gesamtwertung schob sich Goncalves auf den vierten Platz nach vorne. Eine schwere Schlappe musste Aprilia einstecken. Beim Angriff auf Marc Coma, es war Kilometer 126, wurde der Tank an Francisco Lopez’ Bike durch Steinschlag beschädigt, der gesamte Sprit lief davon. Es dauerte zehn Minuten, bis der Tank repariert und wieder aufgefüllt war, im Tagesergebnis wurde der Chilene nur 13. "An Despres war ich schon vorbei, an Coma dran", fasste Lopez sein Rennen zusammen. "Ich hätte heute Zeit gutmachen können. Stattdessen hatte ich Pech und verlor jede Menge." Ergebnis Etappe 3 von San Miguel de Tucuman nach San Salvador: 1. Marc Coma (E), KTM, 4:18,55 Stunden 2. Cyril Despres (F), KTM, 2:21 min zurück 3. Paulo Goncalves (P), BMW, +3:36 4. Olivier Pain (F), Yamaha, +4:34 5. Rubén Faria (P), KTM, +5:46 6. Ze Helio (BR), BMW, +7:02 7. Jordi Viladoms (E), Yamaha, +8:22 8. Helder Rodrigues (P), Yamaha, +9:18 9. David Casteu (F), Sherco, +10:01 10. Juán Pedrero Garcia (E), KTM, +10:53 Stand nach 3 von 14 Etappen: 1. Despres, 9:38,58 Stunden 2. Coma, 14 sec zurück 3. Faria, 9:38 min zurück 4. Goncalves, +10:43 5. Ze Helio, +16:07