Während die meisten Teams ihre schnellsten Fahrer als Erste auf die Bahn schickten, wählte das Team Green den umgekehrten Weg. Kazuki Watanabe nützte den Umstand, dass er in der letzten Sitzung der zweiten Gruppe kühlere Bedingungen und weniger Verkehr vorfand, zur absolut schnellsten Zeit des Tages. Mit 2.06,656 blieb der Lokalmatador sogar unter dem von Yoshimura Suzuki gehaltenen Rundenrekord (2.06,703). Auf dem zweiten Platz landete der bisherige Dominator Katsuyuki Nakasuga, dem seine schnellste Zeit (2.06,877) bereits in der ersten Trainingssitzung gelungen war. Beim zweiten Anlauf blieb der Fahrer des Yamaha Factory Teams eine halbe Sekunde über dieser Zeit. Stark präsentierten sich seine Teamkollegen, die beiden MotoGP-Piloten Pol Espargaró, der einen Sturz zu verzeichnen hatte, und Bradley Smith, die nur unwesentlich langsamer waren. Den dritten Rang erreichte Takuya Tsuda mit 2.06,958. Wie Nakasuga hatte er seine eigene Bestzeit im ersten Training erreicht. Beim Versuch diese Zeit zu unterbieten stürzte der Japaner. Weil seine Yoshimura Suzuki nach dem Ausrutscher nicht mehr anspringen wollte, musste der Teamkollege von Alex Lowes und Josh Waters den Rest des Trainings vom Streckenrand verfolgen. Dass er nichts verlernt hat, stellte Casey Stoner im Training für das prestigeträchtige Acht-Stunden-Rennen in Suzuka eindrücklich unter Beweis. Der zweifache MotoGP-Weltmeister stellte bei seinem Comeback sogar seine Teamkollegen Takumi Takahashi und Michael van der Mark in den Schatten. Mit 2.06,963 markierte der Australier die viertschnellste Zeit des Trainings. Die Startaufstellung der Top-10 wird am Samstag um 15.30 Uhr Ortszeit im Rahmen des sogenannten "Top 10 Trials" ausgefahren, wo je zwei Piloten der fünf schnellsten Teams der Gruppen A und B teilnahmeberechtigt sind. Folgende Mannschaften haben sich für die Super-Pole qualifiziert: #87 Team Green Kawasaki (Yanagawa, Yudhistira, Watanabe) #21 Factory Yamaha (Nagasuga, Espargaro, Smith) #12 Yoshimura Suzuki (Tsuda, Waters, Lowes) #634 Musashi Harc Pro Honda (Takahashi, van der Mark, Stoner) #17 Team Kagayama (Kagayama, Haga, Kiyonari) #32 Team Motomap Suzuki (Kumho, Aoki, Ogata) #01 Team Eva Trick Star Kawasaki (Deguchi, Izutsu, Nigon) #778 Team FCC TSR Honda (Hook, Smith, Agerter) #71 Team Dream RT Sakurai Honda (Herfoss, Dhaldran, Unamoto) #104 Toho Racing with Moriwaki (Elias, Yamaguchi, Wilairot)