Damit ist gesagt, dass es sich bei der R-Version um weit mehr handelt als eine Farbvariante. Dem Zweizylinder-Reihenmotor werden mit einem geänderten Mapping 130 PS entlockt, 7 PS mehr als bei der Standard-Duke 990. Nicht ganz so viel, wie der gleiche Motor der RC 8C leistet (135 PS), aber die RC 8C hat keine Strassenzulassung, die 990 Duke R hingegen erfüllt Euro 5+. Das Drehmomentmaximum von 103 Nm wie auch die Drehzahlgrenze von 10.500/min ist identisch mit der 990 Duke (ohne R). Aufgewertet für sportlichen Gebrauch ist auch das um 15 mm höhergelegte Fahrwerk, das 3 Grad mehr Schräglage ermöglicht. Die Sitzhöhe erhöhte sich von 825 auf 840 mm, die Fussrasten sind 33 mm nach hinten und 12,5 mm hach oben versetzt. Komplett umgestaltet ist die Hinterradaufhängung mit neu über einen kurzen Umlenkhebel angelenktem Zentralfederbein (Standard-Duke: Direkt angelenktes Zentralfederbein). Damit ist klar: Es brauchte eine neue Schwinge, ein anderes Zentralfederbein, einen geänderten Rahmen und wegen der Fahrwerks-Höherlegung auch eine andere Gabel. Der Federweg am Hinterrad ist um 10 auf 140 mm verkürzt, wobei die Kombination mit Umlenkhebeln ein völlig neu abgestimmtes Federbein erforderte. Die in der Dämpfung einstellbare USD-Gabel ist robuster gebaut, die Innenrohre messen nun 48 statt 43 mm und es bigt geringfügig mehr Federweg, 143 statt 140 mm. Trotz aufgewertetem Fahrwerk wiegt die R-Version mit 190 kg fahrfertig 2 kg weniger als das Basismodell. Aufgewertet sind auch die Bremsen: Monoblock-Bremszangen vom Typ Brembo Stylema, Brembo MCS-Geberzylinder und grössere Bremsscheiben (320 mm im Vergleich zu 300 mm bei der KTM 990 Duke) verzögern die R-Version. Zusätzlich zu den Fahrhilfen der 990 Duke gibt es an der R-Version die ABS-Modi Sport und Supermoto+, letzterer unterstützt versierte Fahrer bei Anbremsslides in die Kurven. Die 990 Duke R ist die erste KTM, an der das neues Kombiinstrument im Querformat mit 8,88-Zoll-TFT-Touchscreen mit Touchscreen-Technologie verbaut ist. Dieses verfügt zudem über einen Modus für einen geteilten Bildschirm, einer Connectivity Unit und einem Kartennavigationssystem. Die KTM 990 Duke R ist lieferbar ab Anfang 2025, der Preis steht noch nicht fest.