Als die Moto2-Piloten auf dem Twin Ring Motegi in ihr verspätetes und auf 15 Runden verkürztes Rennen startete, nahm der Regen weiter zu. Auf der Pole-Position stand Lokalmatador Takaaki Nakagami. Mit ihm in Reihe 1: Alex Márquez und Tech3-Pilot Xavi Vierge. Die WM-Anwärter Tom Lüthi und Franco Morbidelli starteten nur von den Plätzen 13 und 15. Morbidelli lag vor dem Japan-GP 21 Punkte vor dem Schweizer Lüthi. Start: Pole-Setter Nakagami verteidigt Platz 1 vor Márquez und Vierge. Tech3-Pilot Vierge sticht an Márquez vorbei. Runde 1: Nakagami führt. Suter-Pilot Aegerter ist Fünfter, Lüthi nach einen hervorragenden Start Siebter, Schrötter Zwölfter und Cortese Dreizehnter. WM-Leader Morbidelli reiht sich auf Platz 14 ein. Runde 2: Auf Platz 1 fährt Nakagami vor Pasini, Vierge, Márquez, Oliveira auf der KTM, Aegerter und Lüthi als Siebter. Jorge Navarro stürzt wie auch Luca Marini. Runde 3: Regenspezialist Syahrin verdrängt Lüthi auf Platz 8. An der Spitze klebt Pasini nun an Nakagamis Hinterrad und übt Druck auf den Japaner aus. Morbidelli ist nun Zwölfter. Cortese 14., Schrötter 18. Runde 5: Lüthi fällt auf Platz 10 zurück, hinter dem Schweizer lauert sein WM-Rivale Morbidelli. An der Spitze hält sich Nakagami vor Pasini, Márquez, Vierge, Oliveira und Aegerter als Sechster. Runde 6: Morbidelli klebt an Lüthis Hinterrad und schnappt sich den WM-Zweiten. Márquez geht an Pasini vorbei und ist Zweiter. Cortese und Nagashima stürzen. Auch Simeon geht zu Boden. Runde 8: Nakagami und Márquez haben sich von Pasini und Vierge um zwei Sekunden angesetzt. Schnellster Mann auf der Strecke ist Hafizh Syahrin. Andrea Locatelli steuert die Box an. Morbidelli 9., Lüthi 11. KTM-Pilot Brad Binder landet im Kies. Runde 9: Márquez greift Nakagami an, doch der Lokalmatador kontert umgehend. Aegerter 8., Morbidelli 9., Lüthi 11. Runde 11: Morbidelli ist nun Achter vor Aegerter, Lüthi fährt 4,3 sec hinter Baldassarri auf Platz 11. Márquez erobert Platz 1 und verdrängt Nakagami. Syahrin ist bereits Vierter. Runde 12: Vierge und Syahrin, der wegen seiner Stärke im Regen den Spitznamen "Der Fisch" trägt, schnappen sich Nakagami. Márquez hat nun 1,2 sec Vorsprung. Letzte Runde: Márquez fährt mit 1,5 sec Vorsprung auf Vierge dem Sieg entgegen. Dahinter folgen Syahrin, Nakagami, Pasini, Bagnaia, Oliveira, Morbidelli und Aegerter. Lüthi 11. Ziel: Alex Márquez siegt mit 1,465 sec Vorsprung auf Xavi Vierge, der damit das beste Tech3-Resultat der Saison einfährt. Für Márquez ist es der dritte Sieg in dieser Saison. Vierge steht zum ersten Mal auf dem Moto2-Podest. 3. Hafizh Syahrin +3,134 sec, 4. Francesco Bagnaia +5,415 sec, Mattia Pasini +5,618 sec, 6. Takaaki Nakagami +6,163 sec, 7. Miguel Oliveira auf der KTM +7,597 sec, 8. Franco Morbidelli +11,400 sec, 9. Dominique Aegerter auf der Suter +11,572 sec, 10. Lorenzo Baldassarri +14,310 sec und Tom Lüthi +26,571 sec. Ferner: 13. Marcel Schrötter (Suter) +30,597 sec. Rückschlag für Lüthi im WM-Kampf: Lüthi liegt nun 24 Punkte hinter Franco Morbidelli.