Die Top-14 aus den ersten beiden freien Trainigs qualifizierten sich direkt für die entscheidende Quali-Session, weil das FP3 am Samstagvormittag auf nasser Strecke stattfand. Vier Tickets waren noch zu vergeben – im Q1 setzten sich auf abtrocknender Strecke am Ende John McPhee (Honda), Marcos Ramirez (Honda), Makar Yurchenko (KTM) und Sergio Garcia (Honda) durch, während unter anderen Celestino Vietti (Sky Racing VR46) und Jaume Masia (Bester Capital) den Aufstieg verpassten – sie hatten wohl zu spät auf die Slick-Reifen gewechselt. Im Q2 gab es jede Menge Führungswechsel, unter anderen stritten sich die Honda-Piloten Tony Arbolino (Snipers) und Tatsuki Suzuki (SIC58 Squadra Corse) um Platz 1, während Kazuki Masaki und Niccolò Antonelli Stürze verbuchen mussten. McPhee schnappte sich zwei Minuten vor Schluss in 1:42,277 min die Pole-Position – die erste Honda-Reihe komplettierten Arbolino und Ai Ogura. Der erste KTM-Pilot wäre Raul Fernandez auf Startplatz 8, aber der Sama Qatar Ángel Nieto-Fahrer wird genauso wie Darryn Binder (CIP Green Power) und Sergio Garcia (Estrella Galicia 0,0) in der Startaufstellung um zwölf Plätze nach hinter versetzt, nachdem sie im FP2 zu sehr gebummelt haben. WM-Leader Aron Canet schaffte im Q2 nur Platz 14. Teameigentümer Max Biaggi war nicht mehr in Le Mans, als sein Fahrer auf die Strecke ging. Der Italiener flog am Samstagmorgen nach Rom, um zu seinem Vater Pietro zu eilen, der in kritischem Zustand im Krankenhaus lag. Inzwischen gab der vierfache 250er-Weltmeister auf den sozialen Netzwerken bekannt, dass Pietro Biaggi verstorben ist. Le Mans, Moto3, Q2: 1. McPhee. 2. Arbolino. 3. Ogura. 4. Suzuki. 5. Rodrigo. 6. Ramirez. 7. Antonelli. 8. Fernandez. 9. Toba. 10. Garcia. 11. Migno. 12. Yurchenko. 13. Fenati. 14. Canet. 15. Dalla Porta. 16. Arenas. 17. Masaki. 18. Foggia. Le Mans, Moto3, Q1: 1. McPhee. 2. Ramirez. 3. Yurchenko. 4. Garcia. 5. Lopez. 6. Salac. 7. Vietti. 8. Kornfeil. 9. Masia. 10. Sasaki. 11. Perez. 12. Rossi. 13. Binder. 14. Öncü. 15. Booth-Amos.