Im dritten freien MotoGP-Training in Sepang musste die Frahge gekört werden, ob die Zeiten vom Freitag allen Angriffen standhalten würden. Tatsächlich standen Dovizioso, Bautista und Zarco nach 30 von 45 Minuten noch auf den ersten drei Plätzen, aber Cal Crutchlow war auf Platz 4 vorgerückt, am Freitag lag er an 6, Position. Dann wurde Jack Miller mit einer neuen Gesamtbestzeit auffällig – der Marc VDS-Honda-Pilot legte 2:00,406 min vor, damit lag Dovi um 0,265 sec zurück. Die Aufgabenstellung für das dritte freie MotoGP-Training von Sepang unterschied sich nicht von den meisten anderen Trainings am Samstagvormittag in der Königsklasse. Die ersten zehn der Gesamtwertung aus FP1, FP2 und FP3 würden direkt ins Qualifying 2 (Beginn: 14.35 Uhr Ortszeit) aufsteigen. Alle Fahrer, die sich auf den Rängen 13 bis 22 (Aleix Espargaró fehlt) klassieren, müssen ins Qualifying 1, das ebenfalls 15 Minuten dauert und um 14.10 Uhr Ortszeit startet. Die ersten zwei aus dem Q1 dürfen dann noch zusätzlich ins Q2 aufrücken, in dem schließlich die besten zwölf Startplätze vergeben werden. Die Reihenfolge aus dem Q1 vom 13. bis zum letzten Platz ergibt dann die Startreihenfolge hinter den ersten zwölf Plätzen. Elf Minuten vor Schluss lag Rossi mit 0,779 sec noch an elfter Stelle, damit hätte er den direkten Einzug ins Q2 verpasst. Doch dann wurde das Klassement in den letzten Minuten auf den Kopf gestellt. Ducati-Pilot Jorge Lorenzo preschte zuerst mit 2:00,163 min auf Platz 1 vor Rossi, der 0,083 sec zurücklag. Johann Zarco war 3,5 Minuten vor dem Ende Dritter vor Miller, Crutchlow, Dovizioso, dem gestürzten Bautista und Viñales. 9. Márquez vor Abraham, Pedrosa. Drei Minuten vor Schluss flitzte Repsol-Honda-Pilot Dani Pedrosa mt 2:00,1254 min zu einer neuen Bestzeit. Aber im letzten Augenblick steigerte sich Yamaha-Star Rossi auf 1:59,947 min – er blieb als einziger Fahrer unter der 2-min-Schallmauer. Nur auf dem letzten Platz: Michael van der Mark auf der Tech3-Yamaha von Jonas Folger. Die Addition aus FP1, FP2 und FP3 1. Rossi, Yamaha 1:59,947. 2. Zarco, + 0,077. 3. Pedrosa, + 0,140. 4. Dovizioso, + 0,177. 5. Lorenzo, + 0,202. 6. Miller, 0,243. 7. Crutchlow, + 0,252. 8. Iannone. 9. Márquez, + 0,520. 10. Viñales, + 0,748. 11. Bautista. 12. Rins. 13. Petrucci, 14. Abraham. 15. Smith, KTM, +1,066. 16. Barbera. 17. Baz. 18. Pol Espargaró, KTM, + 1,348. 19. Rabat. 20. Lowes. 21. Redding, 22. Van der Mark, + 2.037.