Im Qualifying 1 hatten sich Dani Pedrosa und Bradley Smith die letzten beiden Plätze im 15-minütigen Q2 gesichert und rückten zu den Top-10 der ersten drei freien Trainings auf. Während Jorge Lorenzo die Zeitenjagd auf weichen Vorder- und Hinterreifen begann, setzte Valentino Rossi zunächst auf einen harten Vorderreifen und den weichen Hinterreifen. Nach den ersten fliegenden Runden lag Jorge Lorenzo mit 1:54,959 min ganze 0,6 sec vor Andrea Iannone auf der Ducati. Damit war der Weltmeister bereits schneller als die Pole-Zeit von 2015, die bei 1:54,989 min lag. Dahinter folgten Marc Márquez, Maverick Viñales und Valentino Rossi. Ducati-Werkspilot Andrea Dovizioso rückte erst mit einiger Verspätung aus, ihm blieben noch acht Minuten. Márquez kämpfte sich auf 0,3 sec an Lorenzos Bestzeit heran. Dovizioso steuerte fünf Minuten vor Schluss wieder die Box an. Suzuki-Pilot Viñales und Rossi kamen sich in der Boxengasse in die Quere, als der Altmeister an seinem zukünftigen Teamkollegen vorbeifuhr und auch Viñales losfahren wollte. Rossi konnte einen Zusammenstoß glücklicherweise verhindern. Lorenzo jagte mit der Yamaha M1 erneut mit Sektor-Bestzeiten um die tschechische Strecke. Mit 1:59,849 min, konnte er seine eigene Bestzeit übertreffen und Márquez um 0,441 sec distanzieren. Aleix Espargaró hatte sich auf Platz 3 geschoben. In den letzten Sekunden klemmte sich Marc Márquez hinter Pol Espargaró und Altmeister Rossi, ging am 37-Jährigen vorbei und legte mit 1:54,596 min eine Fabelzeit vor. Zum Vergleich: Die Pole-Zeit von 2015 lag bei 1:54,989 min. Er war 0,253 sec schneller als Jorge Lorenzo. Dahinter reihten sich Andrea Iannone mit 0,631 sec Rückstand, Aleix Espargaró 1:55,324 min, Héctor Barberá 1:55,437 min, Valentino Rossi 1:55,509 min, Andrea Dovizioso 1:55,787 min, Maverick Viñales, Dani Pedrosa, Cal Crutchlow, Bradley Smith und Pol Espargaró ein.