Bei trockenen Bedingungen und Sonnenschein starteten die Moto3-Piloten am Samstagmorgen in ihr drittes Training auf dem Automotodrom Brünn. Während Vorjahressieger John McPhee, Nicolò Bulega, Enea Bastianini und Ayumu Sasaki stürzten, stand Philipp Öttl zunächst an der Spitze der Zeitenliste vor Andrea Migno aus dem VR46-Team. Öttl legte eine 2:08,899 min vor und war somit 0,396 sec schneller als der Italiener. Zum Vergleich: Die Pole-Zeit 2016 lag bei 2:07,785 min. 13 Minuten vor Schluss stürzte Öttl jedoch schwer, als er in Kurve 3 gemeinsam mit Jules Danilo zu Boden ging. Der Bayer erholte sich erst von einem Schlüsselbeinbruch aus Jerez. Öttl wurde umgehend in die Clinica Mobile gebracht. Tatsuki Suzuki stürzte zweimal, auch Niccolò Antonelli aus dem Team Red Bull KTM Ajo landete im Kies. In der Clinica Mobile klagte Öttl über Schmerzen in seiner Hüfte. Am Ende stand Nicolò Bulega aus dem Sky VR46-Team mit 2:08,773 min an der Spitze der Zeitenliste. Auf Platz 2 folgte Philipp Öttl (KTM) +0,126 sec, Aron Canet (Honda) +0,377 sec, Livio Loi (Honda) +0,480 sec und Rookie Tony Arbolino (Honda) +0,489 sec. Wildcard-Pilot Tim Georgi landete auf dem 30. Platz mit 2,845 sec Rückstand.