Die dritten freien Trainings aller Klassen fanden am Samstagmorgen bei Regen statt. Ai Ogura fuhr in 2:08,385 min Moto3-Bestzeit, der Japaner war auf seiner Honda 0,046 sec schneller als der Kasache Makar Yurchenko (KTM). Seit dem Mittag regnet es nicht mehr, im Qualifying der Moto3-Piloten war der Twin Ring aber weiterhin nass und alle fuhren mit Regenreifen. Während die Top-14 der kombinierten Zeitenliste der drei freien Trainings direkt im Qualifying 2 dabei sind, müssen alle anderen ins Qualifying 1, aus welchem nur die vier Schnellsten ins Q2 kommen. Diese vier Plätze eroberten Alonso Lopez, Niccolo Antonelli, Sergio Garcia und Yurchenko. Der WM-Dritte Tony Arbolino strandete auf Platz 13, was Startplatz 27 bedeutet! Im Q2 stürzte Ogura bereits in seiner Outlap in Kurve 4, womit seine Session beendete war. Für die erste nennenswerte Bestzeit sorgte Garcia in 2:10,500 min. Eine Runde später fuhr Tatsuki Suzuki aus dem Team von Paolo Simoncelli fast eine halbe Sekunde schneller und übernahm die Spitze – Garcia konterte aber umgehend. Die Fahrer gewöhnten sich immer mehr an die rutschigen Verhältnisse, die Zeiten purzelten laufend. Auf Pole-Position preschte letztlich SIC58-Honda-Pilot Antonelli in 2:09,293 min, Lopez und Suzuki stehen neben ihm in der ersten Startreihe. Yurchenko brauste überraschend auf Startplatz 4. Erstaunlich: Antonelli war im nassen FP3 lediglich 17. und in der kombinierten Zeitenliste der freien Trainings 19! WM-Leader Lorenzo Dalla Porta wurde Sechster, Jakub Kornfeil aus dem Prüstel-KTM-Team Siebter und der WM-Zweite Aron Canet Achter. Ergebnisse Moto3-Qualifying Motegi: 1. Antonelli, 2:09,293 min 2. Lopez, +0,086 sec 3. Suzuki, +0,333 4. Yurchenko 5. Garcia 6. Dalla Porta 7. Kornfeil 8. Canet 9. Vietti 10. Rodrigo 11. McPhee 12. Ramirez 13. Arenas 14. Binder 15. Migno 16. Toba 17. Sasaki 18. Ogura