Marcel Schrötter wurde am 2. Januar 1993 in Landsberg am Lech in Bayern geboren und bestritt sein erstes Rennen 1996, im Alter von drei Jahren, auf einer Yamaha PW 50 beim Motocross in Reichling. Im Jahr 2002 gewann er neunjährig den DMSB-Pocket-Bike-Nachwuchs-Cup. 2003 wechselte Schrötter in den ADAC-Mini-Bike-Cup, in dem er zwei Jahre lang startete. 2005 wurde der Bayer vom fünffachen Weltmeister Toni Mang zu dessen Motorrad-Trainings auf den Hockenheim- und den Salzburgring eingeladen, wo er überzeugen konnte. Im selben Jahr belegte er mit einem Laufsieg Rang 3 im ADAC Junior Cup, 2006 erreichte Schrötter vier Laufsiege und verbesserte sich damit auf den zweiten Gesamtrang.
Ab 2007 wurde Schrötter von Toni Mang, der sich um fahrerische und technische Belange sowie die Sponsorensuche kümmert, Sepp Schlögl und Adi Stadler, die für die Motorräder verantwortlich sind, betreut und unterstützt. Er startet für das Toni-Mang-Team auf Honda RS 125 in der 125ccm-Klasse der Internationalen Deutschen Motorradmeisterschaft (IDM). Bereits bei seinem ersten Rennen in dieser Klasse auf dem Lausitzring errang er den zweiten Platz hinter dem späteren Deutschen Meister Georg Fröhlich. Die Saison 2007 schloss Schrötter als Fünfter der Gesamtwertung ab.
In der Saison 2008 feierte der Bayer beim ersten Saisonlauf auf dem Lausitzring seinen ersten IDM-Sieg. Im weiteren Saisonverlauf gelangen Schrötter weitere vier Siege, wodurch er sich in der Gesamtwertung knapp gegen den Niederländer Joey Litjens durchsetzen und den Achtelliter-Titel gewinnen konnte. Außerdem nahm er auch sporadisch an der spanischen Meisterschaft teil und konnte dort den ersten Saisonlauf in Valencia gewinnen.
2009 dominierte Marcel Schrötter die IDM 125. Er gewann die ersten drei Rennen auf dem Lausitzring, in Oschersleben und auf dem Nürburgring. Am Sachsenring musste sich der Bayer zwar Jonas Folger und Jakub Kornfeil geschlagen geben, da diese jedoch für die 125ccmIDM nicht punktberechtigt waren, bekam er auch hier die maximalen 25 Zähler. Nach dem zweiten Platz auf dem Salzburgring sicherte sich Schrötter im Alter von 16 Jahren mit dem Sieg auf dem Schleizer Dreieck am 2. August 2009 zwei Läufe vor Saisonende seinen zweiten deutschen Meistertitel. Er war seit Alfred Waibel im Jahr 1988 der erste Fahrer, dem es gelang, seinen 125ccm-Titel zu verteidigen.
Im Jahr 2008 gab Marcel Schrötter beim Großen Preis von Deutschland auf dem Sachsenringsein Debüt in der 125ccm-WM. Er startete als Wildcard-Pilot und erreichte mit Rang 13 auf Anhieb drei WM-Punkte. 2009 qualifizierte sich Schrötter, wiederum mit Wildcard unterwegs, beim gleichen Rennen unter nassen Bedingungen für den vierten Startplatz und damit für die erste Startreihe. Das Rennen schloss er als Zwölfter ab. Schrötter trat in der Saison 2010 für das Team Interwetten Honda in der 125ccm-WM an. 2011 startete er in derselben Klasse für das indische Mahindra-Werksteam.
Seit dem Großen Preis von Indianapolis in der Saison 2012 fährt Schrötter für verschiedene Hersteller und Teams in der Moto2-WM. 2013 bestritt er seine erste komplette Saison in dieser Moto2-Klasse und wurde 16. in der Weltmeisterschaft. 2014 fuhr er für das Tech-3-Team und erreichte mit dem zehnten Platz in der Gesamtwertung sein bis dahin bestes Ergebnis, obwohl seine beste Rennplatzierung lediglich ein siebter Platz war. In der Saison 2018 erreichte er auf einer Kalex mit dem achten Rang seine beste Platzierung in der WM-Wertung. Beim Großen Preis von San Marino fuhr Schrötter zum ersten Mal in der Weltmeisterschaft auf das Podest, er wurde Dritter.
Er blieb 2018 im Team und sicherte sich sein erstes Grand-Prix-Podium, indem er beim San Marino GP Dritter wurde. Seine dritte Saison mit Dynavolt Intact GP begann er im Jahr 2019 mit Podestplätzen beim Auftakt in Katar und dann beim Grand Prix von Amerika, aber auch vor Heimpublikum auf dem Sachsenring errang er ein Podium. Seine Platzierungen in der Moto2-Weltmeisterschaft waren der jeweils achte 8. Platz 2018 sowie 2019, der 9. Platz 2020 und Gesamtzehnter 2021.
In der Saison 2022 trat Schrötter zum sechsten Mal für das Liqui Moly Intact GP in der Moto2-Weltmeisterschaft an. Als sein Teamkollege wurde der Spanier Jeremy Alcoba verpflichtet. Die erste Saisonhälfte verlief für den Bayern vielversprechend, er schaffte es fünf Mal unter die Top-5. Das Highlight war sein Heim-Grand-Prix auf dem Sachsenring, wo er lange Zeit um eine Podestplatzierung kämpfte, diese als Vierter schließlich jedoch knapp verfehlte. Die zweite Saisonhälfte gestaltete sich für Schrötter schwieriger, auch hier schaffte er es nicht unter die Top-3. Mit 123,5 Punkten beendete er die Moto2-Saison auf WM-Rang 11.
2023 wechselt Marcel Schrötter in die Supersport-WM und schließt sich dort dem MV-Augusta-Team an.
