Neben Aegerter starteten der aufstrebende Can Öncü (Kawasaki) und Moto2-Umsteiger Nicolo Bulega (Ducati) aus der ersten Reihe. Die beste Triumph stellte Stefano Manzi auf die achte Position, für MV Agusta ging Niki Tuuli von Startplatz 12 ins Rennen. Patrick Hobelsberger (Kallio Yamaha) und Marcel Brenner (VFT Yamaha) nahmen den zweiten Lauf von der siebten und elften Position in Angriff. Wegen ihrer Rennunfälle am Samstag fehlten Tom Booth-Amos und Peter Sebestyen. Bei Rennstart um 12:30 Uhr herrschte Sonnenschein und 15 Grad Celsius Luft- und 25 Grad Celsius Asphalttemperatur. Nach der überragenden Superpole und dem Sieg im turbulenten ersten Rennen war Dominique Aegerter der klare Favorit auf den Sieg im zweiten Supersport-Lauf in Assen. Schon nach wenigen Runden setzten sich Aegerter, Öncü, Lorenzo Baldassarri (Yamaha) und Bulega von ihren Verfolgern ab. Bei Rennhalbzeit zog der Schweizer das Tempo an, fuhr in 1:37,958 min die schnellste Rennrunde und gewann souverän vor Baldassarri und Öncü. Bulega brachte die beste Ducati auf Platz 4 ins Ziel. Spannend der Kampf um Platz 5, in den zeitweise bis zu sieben Piloten verwickelt waren. Am Ende hatten die Triumph-Piloten Hannes Soomer (5.) und Stefano Manzi (6.) knapp vor Niki Tuuli (7./MV Agusta) die Nase vorn. Marcel Brenner fuhr nach einem unverschuldeten Crash im ersten Rennen ein solides Rennen und kam auf der zwölften Position ins Ziel. Für Patrick Hobelsberger verlief das zweite Rennen ähnlich wie schon am Samstag. Nach einer schwachen Startrunde musste sich der Kallio-Pilot von Platz 26 mühsam durchs Feld kämpfen. Trotz guter Rundenzeiten kam der Deutsche nicht über Platz 16 hinaus. Mit 41 sec Rückstand kreuzte Max Kofler (Ducati) auf Platz 19 die Ziellinie. So lief das Rennen Start: Öncü und Caricasulo vor Aegerter in die erste Kurve. Cluzel und Van Straalen stürzen. Brenner auf Platz 8, Hobelsberger auf 26. Runde 1: Öncü 0,4 sec vor Caricasulo, Baldassarri und Aegerter. Manzi (Triumph) auf Platz 7. Brenner 9 Runde 2: Schnellste Rennrunde Öncü in 1:38,281 min – 0,8 sec vor Baldassarri und Aegerter. Bulega (4.) bester Ducati-Pilot. Tuuli (MV Agusta) auf Platz 10. Brenner auf 9, Hobelsberger 24. Runde 3: Öncü legt eine 1:38,252 min nach und liegt um 1,1 sec vorne. Neuer Zweiter ist Aegerter vor Baldassarri und Bulega. Runde 4: Aegerter verkürzt in 1:38,100 min auf 0,7 sec Rückstand. Brenner hinter Tuuli auf Platz 10 zurückgefallen. Hobelsberger (23.) fährt 0,8 sec schneller als die Piloten vor ihm. Runde 5: Aegerter und Baldassarri nur noch 0,3 sec hinter Öncü. Brenner auf 11. Runde 6: Die Top-4 liegen 4 sec vor Triumph von Manzi. Sturz Caricasulo. Kofler auf Platz 18. Runde 7: Baldassarri übernimmt in Kurve 1 Platz 2 von Aegerter und kassiert im Mittelfeld auch Öncü. Runde 8: Aegerter revanchiert sich bei Baldassarri und bremst sich in Kurve 1 vorbei am Italiener in Führung. Die Top-4 innerhalb nur 0,4 sec. Bulega übernimmt Platz 3 von Öncü. Brenner auf Platz 12. Hobelsberger auf 17, Kofler 21. Runde 9: Aegerter und Baldassarri wechseln sich an der Spitze ab. Montella, Manzi und Tuuli kämpfen um Platz 5. Runde 10: Aegerter 0,7 sec vor Baldassarri, Bulega und Öncü. Runde 11: Öncü und Bulega fallen zusehends zurück. Tuuli führt eine Gruppe von sieben Piloten an, die um Platz 5 kämpfen. Hobelsberger (17.) hat eine Lücke von 4 sec zu den Punkten. Runde 12: Schnellste Rennrunde in 1:37,958 min durch Aegerter! Runde 13: Aegerter 1,1 sec vor Baldassarri und 2,4 sec vor Öncü. Oli Bayliss auf Platz 12. Runde 14: Manzi (6.) und Soomer (7./Triumph) vorbei an Tuuli (5./MV Agusta) Runde 15: Aegerter 1,7 sec vor Baldassarri. Brenner (14.) droht aus den Punkten herauszufallen. Runde 16: Öncü und Bulega kämpfen um Platz 3. Runde 17: Aegerter hat mit 2,9 sec Vorsprung alles unter Kontrolle. Sturz Huertas. Letzte Runde: Aegerter gewinnt vor Baldassarri und Öncü.